问题标签 [pybel]

我已经使用 python2.7 创建了一个应用程序，也使用了 pyqt for gui。我还使用 pybel 模块进行计算。

我的应用程序 python 文件正常工作。但是当我尝试从该 python 文件创建可执行文件时，它给了我错误。

我也尝试过使用 py2eye、cx_freeze 和 pyinstaller。

我想知道在命令提示符下键入“python ui_MolecularTest.py”后python文件是否运行良好，为什么我无法从中创建可执行文件？

谢谢

我有一个 pdb 文件，我想使用 python 解析 pdb，我想在 pdb 中找到以下残基：

我试过使用 pybel

但是，我只能看到几个属性。

如何从 pdb 中找到这 3 个属性？我可以使用 python 中可用的任何模块来获取这些属性。

I want to get fingerprints using smiles of compounds. I did but the problem is I want to get in a higher bit and a list format so I can calculate the length of lists. In this case I just get classes. Any solution in python using pybel? I did this but when I write len(fps[0]) I get an error

目标： 我希望能够将 Lewis/Kekulé 结构的许多 SVG 图像组织成一个连贯的反应列表，显示在一些常见的查看文件中，如 PDF 或 PNG；也就是说，每个反应可能占一行，反应物和产物由箭头或其他分隔符分隔，并且在给定数据库中显示每个反应所需的 PDF 页面上将存在尽可能多的行。

上下文： 我正在使用 pybel.readstring() 从本地机器读取分子的规范 SMILES 表示，使用 molSVG = mol._repr_svg_() 将该字符串转换为 SVG 字符串，然后使用 display(SVG( molSVG))，同时还将 SVG 字符串保存到列表和 .svg 文件中。例如：

我想做的而不是显示这些是将它们保存到一些单一的图像文件中。

尝试过的解决方案： 在过去的六七周里我经历了很多，所以我忘记了一些，但我尝试了 pybel 的 Outfile 类，但我认为它不会产生任何图像，因为它可能是为了仅存储 OBAtom 和 OBMol 类对象。来自 matplotlib.backends.backend_pdf 的 Matplotlib 的 PdfPages 似乎只是将多个 SVG 放入单个文件的第一步，但我认为这失败了，因为它需要绘图作为输入，而不是 SVG 文件。我也见过像 svgwrite 之类的模块，但无法让它们工作。

例如，成品的页面可能具有与此类似的结构， 尽管没有像中间的线条和箭头上的标签这样的花哨。

另外，请注意：我对所有形式的编码都非常缺乏经验，尤其是 Python，所以请让我尽可能简单。任何建议都非常感谢！

我试图在 conda 中安装pybel，但它并没有真正起作用，即使安装看起来没问题，所有模块的 API 功能都不存在。

激活环境：

运行 python 提示并尝试导入 pybel，但它并没有真正的 API（例如readfile）：

我正在使用 Pybel - OpenBabel API 的 Python 包装器，我正在尝试禁用以下警告：

当从ChEMBL获取指纹分子SMILES时，我的警告一直被提出

与这篇文章类似，但我不想更改日志记录级别，而是将所有日志记录信息重定向到一个文件。我相信相关的 API 调用是：

或者：

但是该SetOutputStream()方法只接受 type 的对象std::ostream *，而不接受 Python 文件流，例如open('/path/to/log.txt', 'w')或sys.stdout.

TL；DR：有没有一种合理的方法可以将日志信息定向到 PyBel 中的文件？

我有一个 SMILES 格式的分子列表，我将其转换为 InChIKey 格式。但是，其中一些正在生成警告。我希望能够生成一个文件，显示在转换每个分子的过程中产生的警告，以便团队成员可以查看它们。是否可以以编程方式捕获这些消息，而不仅仅是记录它们？

一个片段说明了我希望能够做什么：

我正在开发一个网络应用程序 django，当我安装 openbabel 并尝试导入 pybel 时出现错误

我使用的venv是在执行所有这些命令时激活的

我像这样安装openbabel：

sudo apt-get install python-openbabel

我也试过：

sudo apt-get install openbabel libopenbabel-dev swig

然后我做了：

pip install openbabel

之后，我尝试导入 pybel（在导入 openbabel 之后）

这是实际结果：

请问有什么帮助吗？

以前我在这里问过如何为 macos 安装 openbabel 。现在我还需要安装openbabel python wrapper pybel。我试过pip install pybel了，它被安装了。然后，当我按照教程进行操作时，

我收到以下错误：

事实证明其他人也有类似的问题，事实上我在邮件列表中发现，我引用

'我猜你是通过 pybel 安装的pip install pybel，这是“错误的”pybel'

然后他们给出了一个解决方案pip install openbabel，这对于 macos 是不可能的。

一个解决方案是用来conda安装 openbabel，但我没有使用 conda，我想保持这种方式，所以我正在寻找一个不需要conda.