我有一个 SMILES 格式的分子列表,我将其转换为 InChIKey 格式。但是,其中一些正在生成警告。我希望能够生成一个文件,显示在转换每个分子的过程中产生的警告,以便团队成员可以查看它们。是否可以以编程方式捕获这些消息,而不仅仅是记录它们?
一个片段说明了我希望能够做什么:
import pybel
smiles = pybel.readfile('smi', 'smiles.txt')
converted = []
for mol in smiles:
smiles_str = mol.write('smiles')
inchikey_str = mol.write('inchikey')
warnings = None # Is there something I can do here to capture the warnings?
converted.append((smiles_str, inchikey_str, warnings))