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以前我在这里问过如何为 macos 安装 openbabel 。现在我还需要安装openbabel python wrapper pybel。我试过pip install pybel了,它被安装了。然后,当我按照教程进行操作时,

import openbabel
import pybel
mymol = pybel.readstring("smi", "CCCC")

我收到以下错误:

Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
AttributeError: module 'pybel' has no attribute 'readstring'

事实证明其他人也有类似的问题,事实上我在邮件列表中发现,我引用

'我猜你是通过 pybel 安装的pip install pybel,这是“错误的”pybel'

然后他们给出了一个解决方案pip install openbabel,这对于 macos 是不可能的。

一个解决方案是用来conda安装 openbabel,但我没有使用 conda,我想保持这种方式,所以我正在寻找一个不需要conda.

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我找到了解决方案,您可以brew install open-babel然后给出 python 站点包的自制库的路径。对我来说,以下作品:

import sys
sys.path.append('/usr/local/lib/python3.8/site-packages')

那么你就可以

import openbabel
from openbabel import pybel

等等。

于 2020-05-26T12:40:44.803 回答
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我有完全一样的问题。它适用于以下代码:

from openbabel import pybel
mymol = pybel.readstring("smi","CCN(CC)CC")
mymol
于 2020-05-26T12:22:22.197 回答