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我有一个 pdb 文件，我想使用 python 解析 pdb，我想在 pdb 中找到以下残基：

1. hydrophobicity
2. interface topology
3. solvent accessible surface area

我试过使用 pybel

file_name = "4hhb.pdb"
allmols = [mol for mol in pybel.readfile("pdb", file_name)]
for mol in allmols:
    dir(mols)

但是，我只能看到几个属性。

'addh', 'atoms', 'calcdesc', 'calcfp', 'charge', 'conformers', 'data', 'dim', 'draw', 'energy', 'exactmass', 'formula', 'localopt', 'make3D', 'molwt', 'removeh', 'spin', 'sssr', 'title', 'unitcell', 'write

如何从 pdb 中找到这 3 个属性？我可以使用 python 中可用的任何模块来获取这些属性。

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疏水性（对于每个 AA）可以在以下位置找到：

Bio.SeqUtils.ProtParamData.kd

kd = {'A': 1.8, 'R':-4.5, 'N':-3.5, 'D':-3.5, 'C': 2.5, 
      'Q':-3.5, 'E':-3.5, 'G':-0.4, 'H':-3.2, 'I': 4.5, 
      'L': 3.8, 'K':-3.9, 'M': 1.9, 'F': 2.8, 'P':-1.6, 
      'S':-0.8, 'T':-0.7, 'W':-0.9, 'Y':-1.3, 'V': 4.2 }

我想你必须添加所有的氨基酸值并获得整体的疏水性。

http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.SeqUtils.ProtParamData-pysrc.html

您可以使用 GROMAC ( http://manual.gromacs.org/programs/gmx-sasa.html ) 来获取其他两个参数。查看 C 源代码（https://github.com/gromacs/gromacs/blob/master/src/gromacs/trajectoryanalysis/modules/sasa.cpp），这些参数远不是显而易见的计算。

我会gmx_sasa用 a包装subprocess.Popen()并得到结果。

于 2014-01-17T07:28:31.993 回答
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如this 1 answer中所述，BioPython 2提供对解析.pdb文件的支持

于 2014-01-17T06:54:07.597 回答