我正在努力将代表 Tukey 的 HSD 结果的字母放在我制作的箱线图上。我在这里找到了有关如何执行此操作的描述：r-graph gallery，但是在运行该函数后出现错误。

这是我的数据：

必要的软件包：

使用我的箱线图代码：

产生这个：

对于方差分析：

Tukey的HSD：

代码直到函数（有错误的地方）

错误：

脚本其余部分的代码（我还没有得到）：

我最终会在最后一段代码中将我的特定箱线图合并到“#draw basic box plot”中，但还没有走到那一步。

目标是得到一个箱线图，其顶部胡须上方有这样的字母，但不一定像示例那样颜色协调：

我刚从 R 开始，所以如果这是一个愚蠢的问题，我深表歉意，但是我已经广泛搜索它，似乎无法找到答案。我正在尝试用结构分析数据：

即有 10 个受试者，对于每个受试者，在三个剂量中的每一个都有两个记录：一个在黄昏，一个在黎明。

所以我执行了一个混合模型方差分析，如下所示：

效果很好并产生了结果：

我认为这意味着时间和剂量有显着（p<0.05）的影响，但没有显着的相互作用。时间只有两个级别，所以这是不言自明的，但剂量有三个级别，我现在想做一个后测来检查哪些是显着不同的。但是我不知道如何做到这一点。“TukeyHSD(aov1)”和“summary.lm(aov1)”（使用对比）的工作方式似乎与我之前有一些经验的单向方差分析不同。

因为我在一个高度安全的区域工作，我不确定我是否能够在没有特定授权的情况下下载和安装软件包（我要等两周左右的会议才会知道），我是想知道是否有任何方法可以在不下载和安装任何其他软件包的情况下进行某种形式的后测来评估不同剂量之间的差异？

提前感谢您的任何建议！

我有类似的代码在单向方差分析上运行良好，我的所有命令似乎都在工作，但字母没有绘图。我的控制台没有出现任何错误，因此我们将不胜感激！

我的数据：

包（其中一些用于下游的东西）：

我的代码：

以下代码应产生此结果（加上重要字母）：

我有一个关于测试交互的手段分离测试的问题。是否可以通过交互执行 Tukey 测试？我的模型中的一个术语很重要，我想知道它们是哪些。

为什么我得到一个 NULL 输出，这不可能测试吗？

网站上提到broom它可以用于TukeyHSD和multcomp（见这里）。但是，我无法弄清楚如何使用broomforTukeyHSD和multcomp.

请参阅下面给出的 MWE。

我试图用 TukeyHSD 以双向 anova 绘制重要性字母，但只找到了单向 anova 的信息。我想在每个组内都有字母用于比较，例如在 Gene1 和 Gene2 内。

创建数据框

我想循环混合模型和 Tukey 测试。我要做的就是对 3 列（每列包含一个响应）和 4 个子组（总计 = 12）重复拟合和比较。

此处提供了类似的数据框：https ://drive.google.com/open?id=0Bwrsa11LAnrgTXMzWk1fYXR1MHM 。3 个响应是“RESP_1”、“RESP_2”和“RESP_3”列，子组是“层”列的变量。

我通过以下方式获得单个响应和唯一层的模型和调整：

然后，我尝试通过以下方式循环每一列的模型：

从现在开始，我无法使用 lsmeans 包循环 Tukey 比较，因为lapply返回一个列表，而这个包无法处理这种类。

此外，我怎样才能为每一层循环呢？

任何帮助进行 Tukey 的比较循环将不胜感激。

我想知道是否可以使用函数“TukeyHSD”来执行“aov()”模型与一个因子（例如，GROUP）和一个连续协变量（例如，AGE）的所有成对比较。我做了例如：

我收到这样的警告消息：警告消息：在复制中（粘贴（“〜”，xx），数据= mf）：非因素被忽略：gesttime

上面这个过程正确吗？警告信息的含义是什么？“TukeyHSD”是否适用于严重不平衡的设计？

另外，上面和下面的流程有区别​​吗？

最好的，苏

运行看似简单的方差分析后，我在 TukeyHSD 上遇到错误。

我的数据结构如下示例格式，我的实际数据中一共5组：

以下结果来自 * 我的数据的实际输出，而不是来自上面的示例 *

然后当我运行 Tukey HSD 时出现以下错误

错误回溯：

我猜“系数”有什么问题吗？这是从方差分析表产生的系数

据我所知，这似乎是正常的 ANOVA 行为，并且我已确保我的 Group 变量是因素。尽管方差分析结果正常，但我似乎无法弄清楚为什么我会收到此错误。任何帮助解决此错误将不胜感激！

数据如下所示：

我想执行显着性检验来比较 rev.1 和 rev.2 的均值，仅在分组 class.1=class.2 的情况下。例如，我试图比较所有“7”类，然后比较所有 1318 个类。我尝试使用 ANOVA 和 TukeyHSD 进行此操作，但仅比较我想要的组时遇到问题。任何指导将不胜感激！