问题标签 [survminer]

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r - R x刻度线字体大小的ggforest

我正在尝试将 x 轴刻度的字体大小更改为更大的大小和粗体,但它在ggforest使用ggpar. 请参阅我已圈出我需要更改的部分的附加图片。是否有另一种方法可以使用ggforest.

在此处输入图像描述

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survminer - R ggsurvplot():当风险 n 减少时,如何从实线转换为虚线?

我使用 survminer 和 ggsurvplot()。我希望绘制生存曲线,当风险数量低于初始队列的 10% 时,实线变为虚线。这在“心脏瓣膜介入术后死亡率和发病率报告指南”中得到了建议:“应以适当的时间间隔显示仍有风险的患者数量,曲线应使用包含少数患者的时间范围以外的虚线,例如 10%典型规模(数百名,而不是数千名患者)研究中的初始队列。” https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/18355567/

我无法“叠加”ggsurvplot,这可能是一种策略,生成一个带有虚线曲线的图和一个带有实线曲线的图(后者带有 x 限制)并叠加。有什么经验或建议/提示吗?

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r - 将axes.offset = FALSE与survminer包一起使用时如何对齐我的风险表?

我正在尝试使用 survminer 包创建带有风险表的 kaplan-meier 生存图。我使用了 axes.offset = FALSE 但希望下面的风险表相应地偏移,以便它们很好地对齐。从我从 Github 上的文档中可以看出,显然这已在不久前在 survminer 包中修复,应该可以自动工作,但它不适用于我。我正在使用最新版本的 survminer 软件包。我的代码如下。目前,其他一切都按照我的意愿工作。如果有人知道如何通过风险表对齐来解决此问题,我将不胜感激。谢谢你。

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r - 将 xlim 更改为 ggsurvplot 中的笛卡尔坐标

我想创建一条具有 95%-CI 的 KM 曲线,其中 x 轴放大以显示 0-60 个月之间的值。在我使用 xlim 之前,这一切都适用于 ggsurvplot。

无限制

有限制

最后,有没有办法在不将较高的 x 轴值更改为 NA 的情况下放大到首选的 x 轴值?另请参阅:https ://github.com/kassambara/survminer/issues/4 如何将 xlim 模式更改为笛卡尔坐标?

我不能给出图中看到的数据,但为了重现性,这里有一个 Google sheet 中的示例数据集

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r - 为什么 surv_pvalue(或任何其他)函数在 R 中的自定义函数中不起作用?

要为两条生存曲线之间的差异生成 p 值,我需要执行一系列繁琐的步骤,这些步骤需要使用起始数据框的一列中表示的三个值中的两个值的所有组合来重复,例如A、B 和 C 组:

这工作得很好,但是对于 (A+C) 和 (B+C) 单独执行此操作很不方便。所以我尝试使用以下自定义函数自动执行此操作:

这在 print 调用起作用后会引发错误,因为surv_pvalue在最后调用该函数会引发以下错误:

有趣的是,事先调用函数 survfit 可以正常工作,即使survfit也使用对象 s_data。当我survfit从 s_curve_fun 导出输出并将其用作 的输入时surv_pvalue,我得到了同样的错误。当我在 s_curve_fun 之外定义 s_data 时,一切正常(但显然不适用于所需的组组合)。

我很想知道为什么这不起作用以及如何解决它。我将不胜感激任何反馈!

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r - 使用 ggsurvplot 风险表保持空白

我已经制作了一些 Kaplan-Meier 图,我一直在努力让风险表的数量出现。它目前如下所示: 在此处输入图像描述1

使用 summary(survfit 函数) 这是 n.risk 和 n.events 的摘要

我的代码如下所示:

我做错了什么?

dput(ds) 相关列

知识管理总结

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r - 如何在“survminer”包中的“ggcompetingrisks”中用“geom_errorbar”替换默认的“geom_ribbon”?

如何geom_ribbongeom_errorbarin ggcompetingrisksfrom survminerpackage 替换默认值?

conf.int = T将置信区间作为带状层。

我的代码:

任何建议将不胜感激。

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r - 如何生成协变量调整的 cox 生存/危险函数?

我正在使用该survminer包尝试为具有 5 个感兴趣的子组的纵向学生级数据集生成生存和危险函数图。

我已经成功创建了一个模型,该模型显示了生存函数,而无需使用ggsurvplot.

输出示例

但是,我无法为协变量调整这些曲线。我的目标是创建这样的图表。如您所见,这些是根据某些因素变量进行协变量调整的生存曲线。有谁可以得到这样的图表R

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r - 为 ggsurvplot 中的绘图和表格设置不同的 x 轴中断(R 中的 survminer 包)

我可以在 ggplot 和 survminer::ggsurvplot 中设置不同的 x 轴中断。我目前正在使用break.time.by = 365.25 / 12(每月)进行设置。但是,我需要每 12 个月为表格设置一次轴标签(以满足我无法更改的格式要求)。我尝试仅格式化整个绘图的表格组件并使用 scale_x_continuous(breaks = c(values here)) 但这不起作用。我收到一条消息说Scale for 'x' is already present. Adding another scale for 'x', which will replace the existing scale.

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r - 在 R 中定义生存分析中的特定子组

这是 R 中的代码,它为按阶段细分的人口生成总体生存的 Kaplan-Meier 图。

阶段数据由值 0、I、II、III、IV 组成。

我希望能够只显示阶段 I 的值,而不显示阶段 0、II、III 或 IV。我很感激对代码的帮助,以分离出一个子组。

一个