问题标签 [survminer]

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r - 使用survminer(ggsurvplot)将Kaplan-Meier图y轴更改为失败概率而不是生存概率?

我正在创建一个 Kaplan-Meier 图,使用 survminer 包中的 ggsurvplot 显示精神疾病家族史与精神疾病发作之间的关系。这是我使用的代码:

Kaplan-Meier 曲线如下所示:

Kaplan-Meier 图

在我看来,在 y 轴上绘制疾病风险(失败率)而不是无病概率(存活率)会更直观。我认为有一种简单的方法可以做到这一点,但我无法在 survminer 文档中找到描述。

先感谢您!

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r - survminer 中的风险表不绘图?RCPP 错误

我正在尝试使用该survminer软件包绘制生存曲线和相关风险表。我无法绘制风险表,所有其他元素都可以正常工作。RStudio 要么引发以下错误:

bl_make_text_box(token,drawing_context$gp,drawing_context$yoff_pt)中的错误:包'Rcpp'未提供函数'Rcpp_precious_remove'

或卡住并变得没有反应。

我已经安装并加载了Rcpp 包但没有成功,我还重新启动了 R 并清除了工作区。这发生在多个数据集上。一个例子是来自survminer备忘单的下面的代码,它给了我同样的问题。非常感谢任何建议!我怀疑这与我的环境有关,但我不知道是什么。

按要求编辑

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survival - 为什么幸存者会返回两条曲线?

我正在尝试拟合生存曲线,并且发生了其他数据集没有发生的不寻常的事情。当我尝试绘制曲线时,我得到两条曲线,每条曲线都有一个 CI。通常我有以下数据摘要:

对于不同的数据集,我得到两条曲线,摘要看起来完全不同。如何选择仅绘制其中一条曲线?我使用自动绘图来绘制它们。这是摘要:

为什么我不能将 ggsurvplot 用于第二个数据集 (d2)?这是错误消息:

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r - 我想在 R 中使用 splots 和 survminer 对生成的 2 个 Kaplan Meier 曲线图进行注释(添加字母,例如 A 和 B)

我需要在生成的 2 个 Kaplan Meier 曲线图中添加字母,例如 A 和 B

代码

所以我需要这样的结果图

在此处输入图像描述

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r - 如何使用 panel.labs 和 survminer::ggsurvplot_facet 删除 facet 参数?

我使用以下代码在生存分析中刻面图:

我想修改构面标签文本。使用 panel.labs,名称确实会根据提供的列表进行修改。但是标签仍然显示分面参数,因此对于每个标签,我首先在情节中的名称之前有“地点:”或“年份:”。我怎样才能放下这个?这就像在这些图表上的图中的各个方面删除“sex:” 。

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survival-analysis - 使用 ggadjustedcurves() 创建调整后生存曲线的对数对数图

我可以使用 ggadjustedcurves() 轻松创建调整后的生存曲线,但我想使用

fun = "cloglog" 创建对数图,但它似乎不起作用。

有没有办法使用 ggadjustedcurves() 创建对数图?

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r - 使用 ggcompetingrisks 将审查形状添加到累积发生率图中

是否可以在情节中绘制审查survminer ggcompetingrisks()

我正在从cmprsk包装中进行竞争风险分析。该图显示了 4 种不同事件(局部/区域/远处进展或死亡)的累积发生率。如果这些事件均未发生,则使用审查。我希望在情节中显示审查,希望作为一个勾号“|” 或所有 4 行上的“+”。

我知道使用时survminer ggsurvplot(),这很容易。累积发病率图也可以吗?

提前致谢

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r - 如何在 90% 置信水平的中位数上下置信限估计中位生存期?

我的目标是使用 survfit 对象在 90% 置信水平的中位数置信上限和下限的情况下估计中位存活率。

我找到了类似的函数,即 surv_median() 来执行此操作,但置信度为 95 %

如何在置信水平设置为 90 % 的情况下构建相同的东西

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r - 在 ggsurvplot 中显示大于号(unicode 错误)

我正在尝试在ggsurvplot对象的地层标签中显示大于号。我在不同的情节中生成了类似的东西(下图):

在此处输入图像描述

上图中的功能代码

>通常,我在字符串中显示符号没有问题。但是,当我尝试将">"">1 Prior Progressions"用作标签时,我不断遇到以下警告和错误代码:

下面是导致错误的我的代码的截断示例。

有错误的代码

legend.labs但是,当我用unicode 和字符串的组合替换向量时,我能够运行代码,这让我得出结论>是导致错误。我通常使用这个网站快速搜索 unicode 并找到>标志的 unicode:https ://www.compart.com/en/unicode/U+003E

然而,这个 unicode 似乎对应于错误的符号。代码运行没有任何错误(只有以下警告 x6: Warning in grid.Call(C_textBounds, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y, : font family not found in Windows font database)。产生错误符号的图像和代码如下:

在此处输入图像描述

符号不正确的代码

是否有任何解决方法,以便我可以>正确显示?我真的不想只使用文字,因为我在其余的情节中使用了符号,它看起来不合适。如果 KM fit 对象的表示会有所帮助,我可以提供。谢谢!

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r - R survminer 95%CI 估计方法

与我们合作的供应商正在尝试复制我的 KM 估计/曲线,包括 95% CI。我用 R 编码,而他们用 SAS 编码。我正在使用survminerR 中的包和surv_median函数来导出我的 95%CI。他们将使用该PROC LIFETEST程序。

我尝试搜索包文档(链接:survminer 文档),但找不到任何有用的东西。

非常感谢任何确定 CI 估计方法的帮助。