问题标签 [survminer]

一段时间以来，我一直在这里摸不着头脑，我真的不知道在 ggforest 中处理 hr 地块时我的因素有什么问题。

从第一张图片可以看出，教育变量中有一个参考值，其他值有危险风险，完美！

问题是因子水平的名称很短而且信息量不大，所以我当然想更改名称，以便您了解它们的含义。但是，现在除了“未知”之外的所有值都成为参考值，但我所做的只是更改名称（我希望如此）。

首先，我认为使用长名称或其他东西可能存在问题，但我用一些假数据尝试了同样的事情，完全没有问题。

那么问题是植根于我的数据而不是 ggforest 还是我犯了其他错误？如果有人可以查看我的数据并希望了解问题所在，我将非常感激。链接：https : //easyupload.io/0fo866 csv文件

我使用以下代码来读取表格、转换因子、重新编码值等。

我是一名数据科学家，是一名狂热的 R 用户，目前正在探索 Python，如果它有助于扩大我的分析范围。作为第一步，我尝试使用 Python 复制我当前的 R 分析。在肿瘤学领域工作后，我经常使用事件发生时间数据进行生存分析。R 有一个非常强大的工具集来分析和绘制事件数据的时间，例如。生存和幸存者。我在 python 中使用 lifelines 包，但我发现它不如 survminer (ggsurvplot) 优雅，尤其是在可视化方面。只是想听听其他人是否有同样的感觉并找到任何解决方案来解决这个问题。如果有人有足够的带宽在 python 中开发 survminer 等价物，我也愿意做志愿者。

我想在一个图中将卡普兰迈耶曲线 (KM) 和累积事件或累积关联函数 (CIF) 绘制为格子。

我最近从 SAS 切换到 R，在 SAS 中，您可以使用宏一步完成所有操作（参见此图），但我在 R 中找不到类似的东西。

目前，我为两个单独的图表运行代码。第一个绘制survfit对象使用ggsurvplot它产生一条 KM 曲线，而第二个绘制一个cuminc对象在经过多次转换后使用ggplot. ggcompetingrisks不是很优化，所以我不使用它。我也有兴趣绘制一种特定的竞争风险，例如癌症死亡，而不是所有竞争风险。

这是我当前使用survminer包中的 BMT 数据框的代码示例。

有没有办法将 figKM 和 figCIF 放在一个格子图中？可以通过不同的方式绘制它们吗？

我正在使用arrange_ggsurvplots 一起绘制几个KM 图，但我无法自定义整体标题。知道我该怎么做吗？这是我的代码和结果的示例。

我找到了几页关于如何将单个提取survfit到表中的页面。但是，我想将多个摘要提取到一个kable（或其他表格格式，如有必要）中。我将多个适合组合成一个列表，ggsurvplot_combine并希望在 R Markdown 的单个表中直接在下面总结它们。

我使用数据集创建了一个代表，该lung数据集模仿了我为分析所做的工作。

代码：

输出：

当我尝试传统方式时，我得到一个嵌套的survfit对象列表：

在使用该功能之前我也尝试过取消列出summary，但无济于事：

如果一切都失败了，我可以回到每个survfit对象并单独提取我需要的东西。我希望可能有更简单的方法。

我正在尝试使用 survminer 包中的 ggsurvplot 函数中的趋势测试选项对有序分类变量进行一些生存分析。在计算趋势的对数秩检验时，如果我的变量是数字 (1,2,3,4) 或有序因子 ("1","2","3","4")，则获得的 p 值不同。我应该使用哪种格式，为什么？

我还使用了 survMisc 包中的 comp 函数，因为 ggsurvplot 似乎是基于这个包并获得了预期的相同结果。

非常感谢您的帮助。

这是重现该问题的代码：

具有数值或分类变量的生存图

我在 R studio 中使用 R 制作生存曲线。我正在尝试使用以前帖子的指导将我的 y 轴的标题旋转为水平，并且我不断收到错误消息。我正在使用以下代码：

我收到的错误消息是： my_survplot_c + ylab("Number of\nSolutions") + theme(axis.title.y = element_text(angle = 0)) 中的错误：二进制运算符的非数字参数

我怀疑解决方案很简单，但我是 R 新手，不胜感激！谢谢你。

我正在尝试绘制一个 cox 模型，并让它根据一个因子变量（shunttyp）显示 2 个组。我尝试了以下代码：

coxph.model <- coxph(Surv(days, sens)~male+ coceva + ptatot + diatot + compldich + duplflow1 + shunttyp, data=cox1df)

ggsurvplot(survfit(coxph.model), palette= "#2E9FDF", ggtheme = theme_minimal(), cox1df)

这成功地绘制了完整的模型。我对基于变量“shunttyp”的曲线感兴趣，该变量是一个因子变量。

但是下面的代码不起作用。

ggsurvplot(survfit(coxph.model), group.by = "shunttyp" ,data= cox1df)

或者

ggsurvplot(survfit(coxph.model), strata = c("shunttyp"), data = cox1df)

我尝试按照在线示例（sthda.com）进行操作，这导致我：

new_df <- with(cox1df, data.frame(male = c(1, 2), coceva = c(1,1), compldich = c(1, 1), shunttyp = c(1,1),ptatot = rep(mean(ptatot, na.rm = TRUE), 2),diatot = rep(mean(diatot, na.rm = TRUE), 2),duplflow1 = rep(mean(duplflow1, na.rm = TRUE), 2) ))

但老实说，我不知道这是否正确或我在这里做什么。

我的目标是得到一个看起来像这样的情节，但地层是 shunttyp=0 和 shunttyp=1。

我不知道如何到达那里，并且花了几天时间试图在网上找到答案。任何帮助都非常感谢。

我想从包lung中的数据集生成 Kaplan-Meier 图survival，按性别和 ECOG 分数分层。我希望曲线具有以下样式：

我想在图下方显示风险表。在风险表图例中显示线条样式（颜色和类型）来代替长图例标签会特别好。

我根据生存曲线中多个组的不同颜色类型和线型的答案尝试了此代码：

结果绘图区域为空，并返回警告消息：

预先感谢您的帮助。

我想重新排序 survfit 对象中的地层，以便图例标签以特定顺序出现在ggsurvplot.

例子：

如何重新排序地层？例如，如果我的目标是：

编辑：我以这种方式重新排序了地层：

ggsurvplot但是，使用此修订版调用fit$strata会出现此错误：

对这个错误有什么建议吗？谢谢。