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我想在一个图中将卡普兰迈耶曲线 (KM) 和累积事件或累积关联函数 (CIF) 绘制为格子。

我最近从 SAS 切换到 R，在 SAS 中，您可以使用宏一步完成所有操作（参见此图），但我在 R 中找不到类似的东西。

在此处输入图像描述

目前，我为两个单独的图表运行代码。第一个绘制survfit对象使用ggsurvplot它产生一条 KM 曲线，而第二个绘制一个cuminc对象在经过多次转换后使用ggplot. ggcompetingrisks不是很优化，所以我不使用它。我也有兴趣绘制一种特定的竞争风险，例如癌症死亡，而不是所有竞争风险。

这是我当前使用survminer包中的 BMT 数据框的代码示例。

library(survminer)
library(cmprsk)
data(BMT)

# I'll add the variable Death to plot overall survival.
BMT <- mutate(BMT, death = ifelse (status == 1, 1, 0))

# KM plot:
figKM <- ggsurvplot(survfit(Surv(ftime, death) ~ dis, BMT))
figKM

# CIF plot:
cif <- cuminc(ftime = BMT$ftime, fstatus = BMT$status, group = BMT$dis, cencode = 0)
cifDT <- cif %>% 
  list_modify("Tests" = NULL) %>% 
  map_df(`[`, c("time", "est"), .id = "id")  %>% 
  filter(id %in% c("0 1","1 1")) # to keep the incident I want

figCIF <- ggplot (cifDT, aes(x = time, y = est, color = id)) + geom_step(lwd = 1.2)
figCIF

有没有办法将 figKM 和 figCIF 放在一个格子图中？可以通过不同的方式绘制它们吗？

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如果您查看 figKM 对象的内容，class并str看到该列表中的第一项是“情节”，那么这似乎符合您在评论中要求的内容：

 library(cowplot)
 plot_grid(figKM[[1]], figKM[[1]], nrow = 2)

在此处输入图像描述

我不是 tidyverse 用户，所以map_df可能是基本功能的一些克隆，Reduce或者Map但我没有足够的经验来 a）知道要加载哪个包，或者 b）有能力弄清楚正在做什么你的管道表达式。注释代码可能更容易理解。我对survival包裹非常有经验。

于 2021-03-26T01:26:00.207 回答