问题标签 [survminer]
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list - 在同一个图中组合多条 (>2) 生存曲线(空模型)
我正在尝试使用包 survminer 中的函数 ggsurvplot_combine 在同一个图上组合多个 survfit 对象。当我列出 2 个 survfit 对象时,它非常有效。但是当我以不同的方式组合 3 个 survfit 对象时,我收到错误:
级别错误 - ( tmp value = as.character(levels)): 因子级别 3 重复
我读过关于组合生存图的类似帖子(https://cran.r-project.org/web/packages/survminer/survminer.pdf,https://github.com/kassambara/survminer/issues/195,R在同一个图中绘制多条生存曲线,https://rpkgs.datanovia.com/survminer/reference/ggsurvplot_combine.html)并针对此特定错误,使用“唯一”提供解决方案。但是,我什至不明白这个错误说明了哪个因素变量。我无权分享我的数据或数字,所以我会尝试复制它:
- 数据:
- 时间:直到事件或随访结束之间的随访
- 端点:1=事件,0=无事件或审查员
- 空模型:
- KM1 <- survfit(Surv(data$time1,data$endpoint1)~1,
type="kaplan-meier", conf.type="log", data=data) - KM2 <- survfit(Surv(data$time2,data$endpoint2)~1, type="kaplan-meier",
conf.type="log", data=data) - KM3 <- survfit(Surv(data$time3,data$endpoint3)~1, type="kaplan-meier",
conf.type="log", data=data)
- 列出空模型:
- list_that_works <- list(KM1,KM3)
- list_that_fails <- list(KM1,KM2,KM3) 似乎列表只包含两个参数: list(PFS=, OS=)
- 在一个图中组合 >2 个空模型:
ggsurvplot_combine(list_that_works, data=data, conf.int=TRUE, fun="event", combine=TRUE) 这给出了我正在寻找的情节,但有 2 条累积发生率曲线。
ggsurvplot_combine(list_that_fails, data=data, conf.int=TRUE, fun="event", combine=TRUE) 这给出了错误'级别错误 - ( tmp value = as.character(levels)): 因子级别 3 重复' .
当我尝试使用 ggsurvplot(c(KM1,KM2,KM3), data=data, conf.int=TRUE, fun="event", combine=TRUE)组合 3 个图时,会出现错误:
错误:mutate() 'column 'survsummary' survsummary = purrr::map2(grouped.d$fit, grouped.d$name, .surv_summary, data=data' 的问题。x $ 运算符对于原子向量无效。
非常感谢任何帮助!也非常欢迎另一种组合生存拟合的方法!我最好的选择是它与只包含两个参数的“list”函数有关:list(PFS=, OS=)