问题标签 [cox-regression]

我知道 MATLAB 中有COXPHFIT函数可以进行 Cox 回归，但我在理解如何应用它时遇到了问题。

1）如何将两组样本与生存数据（survdays）、删失（cens）和一些预测值（x）进行比较？由groups逻辑变量定义的组。组有不同数量的样本。

2) coxphfit 中的基线参数是什么？我确实阅读了文档，但我应该如何正确选择基线？

如果您知道一个有关于医疗生存数据的详细示例的网站，那就太好了。我只找到了甚至没有提到 coxphfit的Mathworks 演示。

你知道 Cox 回归可能是另一个第 3 方函数吗？

更新：r自从我得到的答案是R之后添加的标签。

我不想将 cox 回归的输出导出到一个表格中，然后我可以将其放入我的文章中。我想最好的方法是使用 xtable：

现在我想对输出执行以下操作：

• 添加 95 % 的置信区间 (CI)
• 选择某些行，比如年龄和日志（protime）
• 将 exp(B) 和 CI 舍入到小数点后三位
• 删除带有 z 和常规 coef 的列

提前致谢！

有没有人知道除了 JavaStat 之外有任何库有 Cox 的比例风险回归，它相当慢......请告诉我。

问候

I have built a survival cox-model, which includes a covariate * time interaction (non-proportionality detected). I am now wondering how could I most easily get survival predictions from my model.

My model was specified:

And now I was hoping to get a prediction using survfit and providing new.data for the combination of variables I am doing the predictions:

Now as I have event_time_mod in the right-hand side in my model I need to specify it in the new data frame passed on to survfit. This event_time would need to be set at individual times of the predictions. Is there an easy way to specify event_time_mod to be the correct time to survfit? Or are there any other options for achieving predictions from my model?

Of course I could create as many rows in the new data frame as there are distinct times in the predictions and setting to event_time_mod to correct values but it feels really cumbersome and I thought that there must be a better way.

当我使用summary()对象survfit时，我得到一个不错的 data.frame，其中包含用于

但是summary()在一个coxph对象上给出了不同的结果。我意识到函数在不同的对象类上的工作方式不同，但是是否有一个命令coxph以类似的方式summary()工作survfit？到目前为止，我无法在文档中找到答案。

谢谢！汤姆

我正在尝试使用该BiodiversityR包，Rcommander因为我需要对一些数据进行 box-cox 转换。但是，即使在尝试使用示例文件时，在菜单中选择 box cox 转换后，我也会收到此错误，然后Rcommander关闭 Rstudio。它是什么？

我能做什么？

我有一个包含生存数据和一些缺失协变量的数据集。我已经成功地应用了mice-package来使用该mice()函数来估算m个数据集，创建了一个imputationList对象并在每个m数据集上应用了一个Cox PH模型。随后，我使用该函数汇总了结果MIcombine()。这导致了我的问题：

如何获得每个协变量的汇总估计值的 p 值？它们是否隐藏在MIcombine物体内的某个地方？

我知道 p 值并不是一切，但是在没有相应 p 值的情况下报告估计值和置信区间对我来说似乎很奇怪。我可以计算一个近似值。使用例如Altman 提供的公式从置信区间中获取 p 值，但这似乎过于复杂。我已经四处寻找答案，但我什至找不到任何人提到这个问题。我是否忽略了一些明显的东西？

例如：

我试图对 MIcombine 对象的结构进行排序，但到目前为止还没有找到 p 值。

在为我的数据选择顶级 Cox 比例危险模型时，我正在尝试使用类似于（如果不是实际上）程序 R 中的 jumps 包中的 regsubsets 的函数。这可能吗？如果是这样，功能是否已经存在？

我想在 Sweave 文档中使用 的P值，如下所示：cox.zph

如果我分配给一个对象print(cox.zph(m1))：

我在第三个组件中有 p 值temp[3]，但指令print(z)将结果输出到文档，我只想将P值存储在另一个变量中，而不是显示结果。

我尝试了隐形功能，但它对我不起作用。

我正在尝试编写一个小程序来进行 Cox 比例风险模型，最终目标是能够解决当前程序无法解决的问题。尽管试图重现stcox. stcox用于检查它是否正常工作，我可以证明可能性是正确的，因为最大值位于使用ml plot. 然而，从这一点开始，它就崩溃了。变量drug取值 1 或 0，由于它是 Cox 模型，因此无法拟合常数，因此在等式中指定。然而，通过观察Xb每次计算对数似然值时，可以看出对照组和治疗组的值都是变化的，实际上它们之间的差异是固定的，只是一个常数在变化。

编辑：更正了最大似然的编码，但仍然存在收敛问题。