r - 为 ggsurvplot 中的绘图和表格设置不同的 x 轴中断（R 中的 survminer 包）

Question

我可以在 ggplot 和 survminer::ggsurvplot 中设置不同的 x 轴中断。我目前正在使用break.time.by = 365.25 / 12（每月）进行设置。但是，我需要每 12 个月为表格设置一次轴标签（以满足我无法更改的格式要求）。我尝试仅格式化整个绘图的表格组件并使用 scale_x_continuous(breaks = c(values here)) 但这不起作用。我收到一条消息说Scale for 'x' is already present. Adding another scale for 'x', which will replace the existing scale.

Answer 1

您可以在由 创建的对象中替换比例ggsurvplot，这是一个包含两个ggplot对象（除其他外）的类似列表的对象。这些ggplot对象之一称为table。您可以添加第二个scale_x_continuous（并收到有关添加第二个比例的警告），或者只是覆盖原件。

例如，我们将使用包中的一个内置数据集survival：

library(survival)
library(survminer)

fit3 <- survfit( Surv(time, status) ~ sex, data = colon)

ggsurv <- ggsurvplot(fit3, data = colon,
  fun = "cumhaz", conf.int = TRUE,
  risk.table = TRUE, risk.table.col="strata",
  ggtheme = theme_bw())

ggsurv

我们可以通过执行以下操作找出哪个比例对象是 x 比例：

x <- which(ggsurv$table$scales$find("x"))

并用我们自己的规模覆盖它。例如，我们可以每 200 个而不是每 1000 个单位休息：

ggsurv$table$scales$scales[[x]] <- scale_x_continuous(breaks = 0:15 * 200)

现在我们的绘图如我们所愿，在表格的 x 轴上有新的比例：

ggsurv

^{由reprex 包（v2.0.1）于 2022-01-26 创建}