问题标签 [rda]

编写一个新的 .Rda 文件来保存 data.frame 很容易：

但是之后是否可以写入更多数据，没有append=TRUE使用save.

同样，将新行写入文本文件很容易使用：

但是，对于大型 data.frames，生成的文件要大得多。

我正在处理多变量数据，试图将土壤细菌多样性（通过元条形码获得）与环境因素联系起来，看看哪些因素可以解释细菌多样性的最大变化。我正在使用 phyloseq 包进行大部分分析。我设法通过例如编写不同类型的协调

但是，我想做一个 RDA，逐步选择重要的环境变量。（如包ordistep()中的功能vegan）。您知道在 phyloseq 包中对此进行编码的方法吗？任何意见是极大的赞赏。

我正在尝试使用管道工来预测成本的价值。对于预测部分，我将模型保存在一个.rda文件中。我不知道如何在 Plumber 中加载它，是否可以像在平面 R 中一样加载它？我看到了一个类似的问题，但我不明白如何使用 Jeff Allen 的回答中的函数。

我最近加入了一家公司，他们问我是否希望我可以在使用 pega 的项目中，所以我想知道 pega 工具在未来的范围是什么，值得学习机器学习吗？

我正在 RStudio 中执行冗余分析。我的数据包括几个环境变量作为社区数据矩阵，以及一个 GROUP 列，它是约束矩阵。例如：

我正在进行冗余分析以比较组之间的环境变量（代表位置），例如，A 组的电导率是否与 B 组的电导率显着不同。我的 R 脚本如下：

我得到错误：

我不确定这意味着什么，但我的猜测是“df”是错误的类型，但我不确定为什么或如何解决它。

我使用素食社区生态包在 R 中执行了“基于距离的冗余分析”（dbRDA）。我想在 dbRDA 结果的排序图中显示（鱼）营养组对样本之间差异（营养级鱼类组合的丰度数据）的相对贡献。即在排序图上叠加箭头和营养级组名称，其中箭头线的长度表示对差异的相对贡献。据我了解，这应该可以通过vegan::scores()函数访问，或者与dbrda.model$CCA$v对象一起存储。

但是，当使用 时，物种分数是空的 (NA) dbrda()。我知道 dbrda 函数需要在函数中定义社区矩阵才能提供物种分数。我已将其定义为这样，但仍然无法产生物种分数。令我困惑的是，当我capscale()在 vegan 包中使用相同的物种群落和环境变量数据，并在各自的函数中制定相同的公式时，会产生物种分数。dbrda素食主义者能够产生物种分数吗？这些分数与由capscale（当使用相同的数据和公式时）？我提供了我的数据示例和使用的公式。（我对实际绘制一旦获得的物种分数很有信心 - 所以将代码限制为产生物种分数。）

在约束排序分析中，例如CAPor dbRDA，研究人员通常想知道有多少不同之处归因于特定物种。在Primer PERMANOVA，Spearman rank或Pearson correlations物种到轴是一个选项，它提供了在使用 CAP 或 RDA 时描述物种组合之间变化的物种估计值。在 R 中，vegan提供了一种不同的测量方法，称为物种分数，可以计算但必须仔细考虑潜在的缺点 https://github.com/vegandevs/vegan/issues/254#issuecomment-334071917。使用 capscale 时，尽管提供了社区矩阵，但 vegan dbrda 物种得分为空。

我想更好地了解如何计算相关性和物种分数Primer PERMANOVA。首先，这些方法旨在显示的内容是否存在真正的差异？Spearman使用或Pearson correlations超过 R-vegan的物种分数的优点和缺点是什么？Primer 中计算物种与轴相关性的方法是否存在与上述物种分数链接中详述的类似问题capscale或dbrda在 R? 在 Primer 中，社区矩阵和轴中使用哪些变量来计算它们之间的相关性？这些是原始数据还是转换后的数据？最后，如果相关方法比 R 中的物种分数更能估计物种导致组合之间差异的相对数量，那么这是否应该被视为 R vegan 物种分数的替代方法？

目前正在尝试使用提取的数据来创建两个单独的 RDA 双图。使用以下代码：

这导致：

错误：意外'=' in：“+ geom_text(data = PHYTOPLANKTON_coordinates_scaling_2, aes(x = RDA1, y = RDA2, + label=" + color = 'blue') 错误：意外')' in "+ color = 'blue ')"

有没有办法使用包 vegan 中的函数 ordistep 对部分规范排序（冗余分析或对应分析）执行变量减少？我检查了 Borcard 等人。(2011) R 的数值生态学和我找不到答案。我尝试了以下语法，它返回了下一个错误：

Error in formula.default(prda1) : invalid formula

?

我有一个数据提交的输出，它是 rda 文件中的多个向量列表对象的形式。每个列表对象都在一个单独的 rda 文件中，我有近 2000 个文件。我想以最快的方式将所有对象合并到单个 rda 文件中的单个对象中（部分原因是我可能需要重复几次）。所有的 rda 文件都相当小（约 10mb，尽管这将是一个压缩大小），但它们都与文件的数量相加。

内存不是一个大问题，因为我在具有 > 700GB RAM 的服务器上运行它，我第一种增量加载它们的方法与合并的列表对象连接并删除附加的对象，因为它的时间很糟糕将采取（最好的猜测大约是 40 天）。我修改后的方法如下，但想知道是否有更快的方法来做到这一点，因为我可能需要重复这个过程：

只是为了增加我在执行此操作时遇到错误的内容：

错误：尝试在 SET_STRING_ELT 中设置索引 18446744071562067968/2877912830

这不是一个非常有用的错误消息所有 rdas 都作为对象加载到环境中很好，但是当我尝试连接它们时，我收到了错误消息，它似乎是当它到达特定点时，因为它没有不要立即失败。不确定它是否是您可以执行的连接数量或流氓数据的某种限制，但对其进行故障排除似乎是语法而不是数据相关。已将其分成 5 批，然后在保存 rda 之前进行最终连接。已经看到建议使用 rbind、mget 和 do.Call 或 list 函数的此类事情的其他答案 - 使用这些函数中的任何一个会使其更快并实现相同的目标吗？像这样的东西：

谢谢