问题标签 [rda]

我在 .rda 中有一个大数据文件，我可以在 R Studio 中使用 load()。需要 3 分钟。我想加快速度。有没有办法加快加载速度？以某种方式选择性地说。非常感谢。

我正在尝试使用 vegan 包执行简单的 RDA，以使用以下数据框测试深度、盆地和扇区对遗传种群结构的影响。

数据文件.

“ALL”变量是遗传种群分配（结构）。

如果指向我的数据的链接不能正常工作，我将在此处粘贴我的数据框片段。

我以这种方式读取数据：

我的问题有两个方面：1）我似乎无法正确读取我的遗传变量。我尝试了三件事来解决这个问题。

所以，我尝试了这样的事情：

所以我指定了数字

我真的很困惑。我也试过用 指定每个变量dataset$variable，但这也不起作用。

奇怪的是，如果我查看环境变量对不同的复合变量的影响，我可以让 rda 工作

请注意，我确实尝试仅提取上面遗传 rda 的 ALL 列。这也不起作用。无论如何，这导致了我的第二个问题。

当我尝试绘制 rda 时，我得到了一个非常奇怪的情节。注意三个地方的五个点。我不知道这些是从哪里来的。

我将不得不绘制遗传 rda，我想我会提出同样的问题，所以我想我现在就问。

我已经阅读了几个教程，并尝试了每个问题的多次迭代。我在这里提供的是我认为最好的总结。如果有人能给我一些线索，我将不胜感激。

我有一个 .rda (RData) 文件的列表。我想快速将此数据加载到 R 中，而不必load多次调用该函数。我想过使用该load()功能与sapply. 但是，使用以下代码不会在工作区中加载任何 R 对象：

它也没有给出任何错误。

运行循环确实会将 .rda 文件作为 RasterLayer 对象加载到 R 工作区中：

我的问题是：为什么我不能使用apply()函数将 .rda 文件快速加载到 R 工作区中，我必须使用循环吗？

关于数据：数据包含位于埃塞俄比亚格瓦塔的 RasterLayers（来自 Landsat 卫星）。

我正在使用 vegan 包进行 RDA，并希望使用 biplot 绘制数据。在我的数据中，我有数百个值。我想做的是将解释的方差限制为一个设定的限制，因此在下面的示例中为 0.1。因此，我可能只说 8 个，而不是 44 个箭头

任何帮助，将不胜感激 ：）

请看附图！我正在尝试进行 RDA 分析，但在继续之前，我需要确保我的 SNP 数据集和我的环境数据集具有相同的行名。我尝试在 excel 中编辑单个数据集以满足此要求，并且在看似使它们相同（行名之间不再有区别）之后，当我输入：相同（行名（gen），env）它仍然说明行名当它显然不是时，匹配是“FALSE”。有人能帮忙吗？

我正在尝试进行 RDA 分析，为此我必须使用我的 SNP（散点图上的点）创建一个图。我为我的点分配了颜色，但是一旦我绘制它们，它们就没有被填充，而是用灰色勾勒出来的白色圆圈。附件是我的代码，附件是我得到的图像，以及我希望它看起来像的图像。还附上了一个较小数据集的图像，以便更容易看到我在做什么！先感谢您！

env1 数据

第一代数据

RDA 散点图（SNP 与环境预测因子）

我希望我的数据看起来像什么的散点图

我正在用 Python 清理我的数据，但我们用于可视化的程序是为 R 设置的。我正在尝试将我的数据帧保存为 rda 文件。我可以在这里找到资源以开始使用，但是我的 df 有 92 列，当它转换为 rda 时，它有 1942 列，类似于以下内容。

编辑：我已经尝试了这两种转换并得到了相同的结果。

和

我刚刚对我的 SNP 数据集进行了冗余分析，并从中获得了候选 SNP。我想在这个数据上运行一个 DAPC，但是这个教程让我有点困惑。这是因为我相信我已经在集群中拥有了我的数据，我只想运行 DAPC，但由于这些错误，它只是由于某种原因无法正常工作，而且我相信在我开始之前我做错了什么这一点，但我不知道是什么

我查看了在线论坛和各种论文，对我对 RDA 分析结果的解释感到有些困惑。

我在该条件下运行了带有遗传簇的完整模型，并使用 anova.cca() 函数使用方差分析 (PERMANOVA) 的排列提出了一个具有全局测试的重要模型。

然后我查看 RDA 轴，它们都不重要：

但是，看看“边距”排列，它着眼于术语的重要性，我得到了经度和深度的显着结果：

我从模型中删除了纬度，模型和术语一样重要，但 RDA 轴也不重要：

这是否意味着我可以忽略模型重要性和术语重要性，因为 RDA 轴不重要？

我正在研究环境参数是否会影响与森林中的山毛榉共生的根真菌的群落组成。因此，我正在执行一个 RDA，其中包含一个存在与否的社区数据集和一个环境数据集，其中包含连续的环境参数（pH、土壤湿度……）和一个分类参数“再生”，它有 4 个类别对应于发育阶段山毛榉（SNReg 和 SReg 是幼苗，RegLow 和 RegHigh 是树苗）。

在绘制包含我的所有参数的 RDA 时，随后在逐步选择之后，此分类参数被绘制为质心，而不是按预期绘制的箭头。然而，逐步选择揭示了经度是强烈推动群落组成变化的因素。因此，我想做一个部分 RDA 来看看环境参数的影响，校正了经度的影响。然而，现在分类参数“再生”被绘制为箭头而不是质心，而它被认为是一个因素。如果我调用 RDA 的摘要，则没有因子约束的质心，并且因子“再生”仅包含在约束变量的双标得分中。用虚拟变量替换也不能解决这个问题。

我发布了带有质心的 RDA 图的图像，以及没有质心的部分 RDA 图，其中再生被绘制为箭头。

图 1 是 RDA 的图，其中分类变量“再生”被正确地绘制为质心

图 2 是部分 RDA 的图，其中分类变量“再生”被错误地绘制为箭头