问题标签 [rda]
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r - 如何更改 RDA 箭头的字体和字体大小 - ggvegan?
我正在制作 RDA,我无法更改它返回给我的信息,如字体和字体大小。我想更改箭头的字体和字母的大小,这可能吗?我用红色圆圈标记了我要更改的信息,以便于理解。
我使用此代码生成索引的图像。我想做的是更改 RDA 箭头指示的名称的格式(字体和字体大小)。
r - 有没有办法读取 Rda 文件的样本?
我在 Rda 文件中有一个非常大的数据集,我想将其用于闪亮的应用程序,但由于它太大了,我想只取一个文件样本并将其读入。有没有办法做到这一点?
r - 如何 rbind rda 文件列表
我有一个 .rda 数据文件列表,其名称都以 AAA 开头,需要将它们全部绑定到一个数据集中我尝试了以下代码,但它不起作用
r - RDA 与 ggvegan 的绘图:如何更改箭头文本的文本位置?
最近,我用 RDA 运行了一个 RDA,vegan
然后,我用ggvegan
(Amazing!)制作了 RDA 图。但是,我无法编辑箭头的文本。
我使用下面的代码生成附加图像:
r - RDA 可视化 - 根据 RDA1 绘制物种丰度图
我已经对 87 个地块进行了抽样,并确定了总共 9 种蚯蚓。我的目标是调查我的站点(在 87 个地块中采样)的物种丰富度和丰度的变化,该站点已知受到污染(主要受到铜、锌和铅的污染,但我还考虑了由 PCA 提取的土壤环境的 2 种复合测量)。
为此,我执行了 RDA(物种数据经过 hellinger 转换):
该模型是显着的,我研究的污染物对物种群落确实有影响,我的解释变量解释的方差达到了 37%。到目前为止一切都很好,除了现在,我想绘制单个物种丰度如何随 RDA1 变化,例如 Oksanen 在线课程(http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/ordination101.html#33 ):
如果我对 RDA 如何进行的理解是正确的,那么我应该从 RDA 对象中潜在地提取(非)线性物种对环境变量的响应,每个物种都有一个模型。但是,在 RDA 的摘要对象中,我无法确定要提取哪些数据。如果你们有任何建议,我将不胜感激。
r - 加载 .rda 文件并遍历其对象
我加载了一个 rda 文件,它基本上是一个数据框列表。我如何迭代对象?
r - 使用 vegan 包在冗余分析 (RDA) 中难以理解约束排序
根据审稿人的建议,我正在使用冗余分析 (RDA) 分析功能特征数据。这是我第一次使用这种方法,所以我很难理解它的微妙之处。
我的数据具有以下结构:
我研究的第一步是使用以下混合模型分析每个特征:
第二步是使用带有 RDA 的多变量方法。由于我不知道如何在 RDA 中包含随机效应,所以我使用以下模型将第三个因子编码为正常因子(这给了我令人满意的结果):
但是,审稿人建议我将第三个因素编码为具有以下模型的协变量:
我不明白的是,在最后一个模型中,我在输出中只有 1 个 RDA 轴,而不是初始模型中的 3 个。有人可以向我解释一下将一个因素作为条件因素是什么意思,它真的等同于随机效应吗?
感谢任何能提供帮助的人 !
r - 如何在 R 中合并两个 .rda 文件?
我有两个 .rda 文件,其中许多变量和数据框已设置为某些值。两个 rda 文件都具有相同的变量名称和数据框名称。但是,它们的顺序不同。我想将两个 rda 文件组合成一个 .rda 文件,就像我们附加两个数据帧的方式一样。
我试图用来rbind
组合两个包含 .rda 文件的对象,如下所示
但是我打印了我期望低于输出的 combine12 对象
实际输出是
r - eval 中的错误(predvars、data、env):“character”类型的“envir”参数无效
我是 R 的新手,并开始在 RStudio 中使用非常简单的代码进行线性回归,如下所示:
示例代码加载到一个 RDA 文件中,其中包含一个对象 s。
运行此程序后,我遇到了一个非常常见的错误:
谷歌搜索了一段时间后,我认为错误与
部分,因为我在 Google 上遇到的大多数类似错误是数据集是字符串而不是变量引用。但我认为在我的情况下,数据集确实不是字符串,如本教程所示:
在此先感谢您的任何建议!
r - RDA 相关三元组与素食主义者
我正在尝试使用 R 中的 vegan 包绘制 RDA 相关三元图(使用 plot(rda_model)),但是我对使用哪个“缩放”感到困惑。
在 Zuur (2007, Analyzing Ecological Data) 中,scaling
指的是包含特征值平方根的对角矩阵的幂,并指出相关性三标度缩放 = 2。然而,Jari Oksanen(素食主义者的设计决策和实施细节)使用这个术语(当使用 plot(rda) 时)通过特征值缩放站点或物种。
我真的很喜欢关于如何做相关三图的建议——无论是scaling
指什么。