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我正在尝试使用 R 中的 vegan 包绘制 RDA 相关三元图(使用 plot(rda_model)),但是我对使用哪个“缩放”感到困惑。

在 Zuur (2007, Analyzing Ecological Data) 中,scaling指的是包含特征值平方根的对角矩阵的幂,并指出相关性三标度缩放 = 2。然而,Jari Oksanen(素食主义者的设计决策和实施细节)使用这个术语(当使用 plot(rda) 时)通过特征值缩放站点或物种。

我真的很喜欢关于如何做相关三图的建议——无论是scaling指什么。

M1=rda(SPECr~.,data = CHEMr,scale=TRUE)

summary(M1)

plot(M1,main="Correlation triplot",cex=1.1,scaling=2)#is this correct?

var.scall=scores(M1,choices=1:2,display="sp",scaling=2)

arrows(0,0,var.scall[,1],var.scall[,2],length=0,lty=1,col="red")
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