我正在使用 vegan 包进行 RDA,并希望使用 biplot 绘制数据。在我的数据中,我有数百个值。我想做的是将解释的方差限制为一个设定的限制,因此在下面的示例中为 0.1。因此,我可能只说 8 个,而不是 44 个箭头
library (vegan) # Load library
library(MASS) # load library
data(varespec) # Dummy data
vare.pca <- rda(varespec, scale = TRUE) # RDA anaylsis
biplot(vare.pca, scaling = 3,display = "species") # Plot data but includes all
## extracts the percentage##
x =(sort(round(100*scores(vare.pca, display = "sp", scaling = 0)[,1]^2, 3), decreasing = TRUE))
## Plot percentage
plot(length(x):1,sort(x)) # plot rank on value of y
任何帮助,将不胜感激 :)