r - 可变前向选择与素食主义者的部分排序

Question

有没有办法使用包 vegan 中的函数 ordistep 对部分规范排序（冗余分析或对应分析）执行变量减少？我检查了 Borcard 等人。(2011) R 的数值生态学和我找不到答案。我尝试了以下语法，它返回了下一个错误：

Error in formula.default(prda1) : invalid formula

prda1 <- rda(spp.h, env.partial, avu.rda)

rda.ordistep <- ordistep(rda(spp ~ 1, data = env), 
scope = formula(partial.rda), 
direction= "forward", 
pstep=10000, 
trace = FALSE)

?

Answer 1

当您在 中具有部分排序时ordistep，您必须在较低范围内具有部分术语。以下示例适用data(dune, dune.env)于素食主义者

require(vegan)
data(dune, dune.env)
m0 <- rda(dune ~ Condition(Management), dune.env)
m1 <- rda(dune ~ Condition(Management) + ., dune.env)
m <- ordistep(m0, scope = list(lower=m0, upper=m1))

如果您没有Condition(Management)在较低范围内，它将被视为任何其他变量并考虑删除，或者如果起始模型没有Condition(Management)，则将其视为任何其他候选者，但永远不能添加。