问题标签 [primer3]

我在我的 mac osx 构建中遇到了这个错误。

Primer3/eprimer3 问题：

从：

http://www.mcardle.wisc.edu/mprime/help/primer3/primer3_manual.htm#globalTags

此标记指定包含热力学方法使用的所有参数文件的目录的路径。在 Linux 中，如果未定义此标记，则会测试两个默认位置：./primer3_config/和/opt/primer3_config/. 对于 Windows，只有一个默认位置：.\primer3_config\.

我将primer3_config放在bin的PATH中，仍然无法解决这个问题。我什至做了：

和

无济于事。

我尝试在 localhost 上运行primer3 web，但是选择引物时输出出现错误。

Primer3 输出：

无法识别的标签：PRIMER_THERMODYNAMIC_ALIGNMENT=1 ./primer3_core：无法识别的标签：PRIMER_THERMODYNAMIC_ALIGNMENT=1

输入问题：无法识别的标签：PRIMER_THERMODYNAMIC_ALIGNMENT=1

（primer3_results.cgi 3.0.0 版）

我正在使用这个模块来设计引物https://pypi.python.org/pypi/primer3-py但我得到了意想不到的结果。

我想设计 PCR 引物，但由于某种原因，它似乎失败了，因为没有设计内部寡核苷酸（据我所知）。它确实说有 5 个好的右引物和 6 个好的左引物。为什么它不只是输出它们？

编辑： 如果目标区域没有引物，我会使用 while 循环继续设计引物。为了确定要扩展的那一侧，即哪一侧未能制作底漆，我使用来自'PRIMER_LEFT_EXPLAIN'and的值'PRIMER_RIGHT_EXPLAIN'。这不适用于我发布的示例，并且由于我没有得到primer3 Standalone 为您提供的引物对输出，我不知道如何解决这个问题。

我目前在 Linux 中使用 Primer3 2.3.6。我正在使用命令“primer3_core -p3_settings_file=/my/path/to/settingsfile.txt /my/path/to/inputfile.txt”。

我也在 Windows 7 中尝试过它，它没有任何问题。但是，在 Linux 中，我收到错误消息“primer3_core：第一行必须是”Primer3 文件 - http://primer3.sourceforge.net “..”。但是缺少的行在我的设置文件的第一行。

你有什么建议或想法可能是错的吗？

提前致谢！

我需要安装 Primer3 以在 Windows 中进行研究，我真的不知道如何去做。我按照这里提到的说明进行操作。

我正在到达我需要运行的部分

我不断收到错误消息：

仅供参考，我进入了 minGW 安装管理器，得到了 ming32-make 包，包括 bin、doc、lang 和 lic 包，因为我真的不知道哪个是正确的。如果有人可以帮助我，我将不胜感激！在没有安装向导的情况下安装这些小众程序是一项挑战！

在约束排序分析中，例如CAPor dbRDA，研究人员通常想知道有多少不同之处归因于特定物种。在Primer PERMANOVA，Spearman rank或Pearson correlations物种到轴是一个选项，它提供了在使用 CAP 或 RDA 时描述物种组合之间变化的物种估计值。在 R 中，vegan提供了一种不同的测量方法，称为物种分数，可以计算但必须仔细考虑潜在的缺点 https://github.com/vegandevs/vegan/issues/254#issuecomment-334071917。使用 capscale 时，尽管提供了社区矩阵，但 vegan dbrda 物种得分为空。

我想更好地了解如何计算相关性和物种分数Primer PERMANOVA。首先，这些方法旨在显示的内容是否存在真正的差异？Spearman使用或Pearson correlations超过 R-vegan的物种分数的优点和缺点是什么？Primer 中计算物种与轴相关性的方法是否存在与上述物种分数链接中详述的类似问题capscale或dbrda在 R? 在 Primer 中，社区矩阵和轴中使用哪些变量来计算它们之间的相关性？这些是原始数据还是转换后的数据？最后，如果相关方法比 R 中的物种分数更能估计物种导致组合之间差异的相对数量，那么这是否应该被视为 R vegan 物种分数的替代方法？

问题：

我需要安装Primer3，这是一种广泛使用的生物工具，可以让人们设计引物。

尝试解决：

我试图按照他们的说明安装 Windows无济于事，因为它似乎没有提供足够的信息。无论如何，我都不是经验丰富的程序员。到目前为止，我还参考了这个关于类似问题的堆栈溢出帖子，并尝试遵循建议的答案。我还简要地查看了他们 github 存储库中的一个线程，尽管我无法真正理解他们在其中说什么。就我从命令终端（mingw32 版本）获得的输出而言，似乎没有任何效果：

如果我只是尝试在 src 文件夹中运行 make：

就所需的软件或软件包而言，这是我缺少的东西吗？他们的makefile被窃听了吗？任何帮助，将不胜感激。

PS 这里是他们在 sourceforge 上的下载站点的链接。我使用的是 2.4.0 版。

我希望通过比较涵盖 ITS 1 或 ITS 2 的读数与涵盖两个区域（ITS1 和 2）的读数来制作单个系统发育树。（详细信息：类似真菌、ITS 区域、Sanger 读取约 600bp）是否有程序/技术可以将部分读取与完整读取进行比较，并且没有引物的树组？

绘图：线是底漆覆盖的地方，我希望将部分线（3-6）与完整线（1-2）进行比较。

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这是对齐的图像：

我正在尝试制作一个与primer3一起使用的流线型应用程序，并且python文件在我的PC上运行良好。但是，我在运行 Linux 系统的 ec2 服务器上安装primer3-py 时遇到问题。

我运行的命令是：

python3 setup.py build_ext --inplace

它会出现这样的错误：

以防万一，我尝试pip3 install primer3-py直接运行并导致同样的错误。似乎 gcc 是 Cython 的一部分，我已经成功安装了它。

如果有任何帮助，我将不胜感激！谢谢！