问题标签 [gplots]
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r - 如何为 heatmap.2 中的分支和刻度标签着色？
我已经使用 R 中的函数完成了热图heatmap.2，gplots但我不知道如何为每个组的分支和刻度标签着色（例如，如果我将树切割成像我的第二个图中那样有四个组） . 我已经检查过是否可以使用dendextendpackage 单独为树状图着色。
这里还有一个热图：使用彩色树状图在 R 中选择 heatmap.2 中树状图的叶节点数，但我无法在我的示例中实现它。
有人可以帮我解决这个问题吗？
更新
这是我的热图：
我想根据他们的四个组有一个这样的带有分支和刻度标签的颜色（这个图是用 Illustrator 编辑的以解释这个问题）：
这是我使用的数据和代码：
数据
代码
r - 当我在 pdf() 之后使用 textplot() 和 title() 时，我的输出有表格但没有标题。如何让标题出现？
我在 R 中将以下代码与 gplots 包一起使用：
我的目标是有一个 2 页的 pdf 文件，其中第 1 页的情节和第 2 页的标题的表格。除了标题之外，一切正常。当我运行时：
它正确显示了我期望的输出。
谢谢
r - 在 R 中制作一个改变颜色和透明度的热图
是否可以同时考虑颜色和透明度来生成热图，这两个参数来自两个不同的矩阵（矩阵 1 定义颜色，矩阵 2 定义 alpha）？
关于我所追求的更多信息：
我已经成功地使用了 R 和 gplots 包中的 heatmap.2 函数来生成热图——在这种情况下是为了可视化 miRNA 的相互作用。在这里，我想展示的是 miRNA 的典型 20-24 个核苷酸中的特定核苷酸参与目标配对的概率。我的热图矩阵由 miRNA（行）和位置 1-24（列）和每个单元格中的数字配对概率组成。一个示例是更改由矩阵值确定的颜色的 alpha 参数，例如白色 = 无配对，深红色 = 高配对。
heatmap.2 函数非常适合单个这样的图，但我现在想获取来自两个不同物种的重叠信息。因此，我需要我的热图基本上考虑两个矩阵：
1) 具有物种重叠程度的矩阵，例如范围从仅物种1 的红-紫-蓝到物种1+2 到仅物种2。
2) 具有平均配对程度的矩阵，例如，通过在矩阵 1 中的给定位置从弱到强平均配对（无论颜色如何）的 alpha 参数可视化。
我尝试使用这篇文章中的原则：
但是无法将其建议应用于我自己的问题。
提前致谢！
r - 包“gplots”不适用于 R 版本 3.0.2
我使用的是 ubuntu 14.04.2 LTS。我的 R 版本是 3.0.2。当我使用以下命令安装包“gplots”时
我收到一条警告消息：包 'gplots' 不可用（对于 R 版本 3.0.2。）有什么建议吗？谢谢。
r - 如何在 gplot 中添加示例垂直线？
考虑下面这段代码给出的图表：
结果图如下所示：
我的目标是在图表中添加另一条蓝线：
- 与曲线相交
- 在 X 轴上显示值
- 在上面添加标题
为了可视化它，它应该如下所示：
我知道如何添加 geom_line 但它是自下而上的，我希望与曲线有“一点相交”。
r - 显示幅度和 p 值的热图 (R::ggplot2)
我想制作一个热图，显示每个框中数字的大小和 p 值。我希望每个单元格的颜色来描述值 (v)，并且我希望每个单元格边框的厚度来描述 p 值。
我有的：
我第一次通过，这段代码根据值的重要性改变了边框的粗细：
现在我只是想清理这个数字。如何在所有单元格之间添加常规间距？我需要创建一个缓冲区，这样边界就不会与相邻单元格重叠？
答案： aes 中的高度和宽度变量
这是我最终得到的数字：
我需要一个边界图例，但我无法让它出现。我认为这是因为它不是aes。知道如何获得边框厚度的图例吗？
r - R gplots中的heatmap.2错误
我在 gplots 中使用 heatmap.2 在 R 中创建热图。我的代码过去可以很好地创建热图。但最近它开始抛出错误。我不确定为什么会这样。
现在它抛出错误：
此代码绘制热图但不绘制颜色键。
r - R gplots heatmap.2 - 使用中断参数的键不稳定（警告：未排序的“中断”将在使用前进行排序）
我正在使用Rheatmap.2中的包中的函数可视化数据集gplots。基本上我正在对原始数据执行层次聚类分析，同时强制热图显示数据的有限版本（介于 -3 和 +3 之间）限制异常值对热图外观的影响，同时仍保留原始聚类。当我使用完整的数据集 ( fullmousedatamat) 时，它工作得很好。partialmousedatamat但是，当我使用部分数据集（
以下是包含相关数据集和分析的要点：
https://gist.github.com/jeffbruce/7412f567ac57fe1721a3
请注意中心白色两侧的第 4 种颜色是如何被滤除的。这对我来说可能是一个错误。我收到以下警告消息，我不确定如何解释：
谢谢你的帮助！
r - 如何在R中将多个变量调整为一张图？
我对 R 有点陌生，并且在将数据值调整为我使用 ggplot2 制作的图表时遇到了问题。
这是我用于生成绘图的代码。
我无法更清楚地了解轴以及我们可以从中读取数据的位置？
r - igraph 中的颜色特定节点
无论从对象“d”中选择什么字母，我都试图为节点 6 和 7 着色。
我尝试了上面的 ifelse() 但它们似乎没有数值。我会很感激一些帮助。
我想要的是节点 6 是白色的，7 是绿色的，其他节点是红色的。
谢谢！