是否可以同时考虑颜色和透明度来生成热图，这两个参数来自两个不同的矩阵（矩阵 1 定义颜色，矩阵 2 定义 alpha）？
关于我所追求的更多信息：
我已经成功地使用了 R 和 gplots 包中的 heatmap.2 函数来生成热图——在这种情况下是为了可视化 miRNA 的相互作用。在这里，我想展示的是 miRNA 的典型 20-24 个核苷酸中的特定核苷酸参与目标配对的概率。我的热图矩阵由 miRNA（行）和位置 1-24（列）和每个单元格中的数字配对概率组成。一个示例是更改由矩阵值确定的颜色的 alpha 参数，例如白色 = 无配对，深红色 = 高配对。
heatmap.2 函数非常适合单个这样的图，但我现在想获取来自两个不同物种的重叠信息。因此，我需要我的热图基本上考虑两个矩阵：
1) 具有物种重叠程度的矩阵，例如范围从仅物种1 的红-紫-蓝到物种1+2 到仅物种2。
2) 具有平均配对程度的矩阵，例如，通过在矩阵 1 中的给定位置从弱到强平均配对（无论颜色如何）的 alpha 参数可视化。
我尝试使用这篇文章中的原则：
但是无法将其建议应用于我自己的问题。
提前致谢！