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我正在使用Rheatmap.2中的包中的函数可视化数据集gplots。基本上我正在对原始数据执行层次聚类分析，同时强制热图显示数据的有限版本（介于 -3 和 +3 之间）限制异常值对热图外观的影响，同时仍保留原始聚类。当我使用完整的数据集 ( fullmousedatamat) 时，它工作得很好。partialmousedatamat但是，当我使用部分数据集（

以下是包含相关数据集和分析的要点：

https://gist.github.com/jeffbruce/7412f567ac57fe1721a3

请注意中心白色两侧的第 4 种颜色是如何被滤除的。这对我来说可能是一个错误。我收到以下警告消息，我不确定如何解释：

Warning message:
In image.default(z = matrix(z, ncol = 1), col = col, breaks = tmpbreaks,  :
  unsorted 'breaks' will be sorted before use

谢谢你的帮助！

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我遇到了同样的问题，我不得不通过代码来heatmap.2解决这个问题。

事实证明，symkey=T默认情况下，在 的两端添加数据的极值breaks，使其未排序：

tmpbreaks <- breaks
  if (symkey) {
    max.raw <- max(abs(c(x, breaks)), na.rm = TRUE)
    min.raw <- -max.raw
    tmpbreaks[1] <- -max(abs(x), na.rm = TRUE)
    tmpbreaks[length(tmpbreaks)] <- max(abs(x), na.rm = TRUE)
  }

symkey=F因此，如果您提供自己的休息时间，解决此问题的简单方法是添加。

于 2015-11-26T09:13:59.823 回答