问题标签 [gplots]

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r - 从 gplots 包为气球图创建注释

我想知道是否可以更改 gplots 包生成的气球图的行和列注释。

假设我的数据是 mtcars 数据集的子集

我可以制作气球图如下

我可以用任意颜色更改灰色条的颜色(对于 x 和 y)吗?例如,我想要红色的 mpg、cyl、disp 和 drat,其他的都是蓝色。

这可能吗?或者我需要看另一个包?

谢谢

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r - 为 heatmap.2 中的每一列创建颜色中断

我正在尝试创建一个heatmap指标。我已经在 SO 上使用了多个问题来做到这一点,但我的解决方案似乎是独一无二的。我正在跟踪 3 列:OTDTATDIH。我想为这些列中的每一列设置颜色中断,但我需要它们不同。

IE

col_breaks似乎适用于整个地图,我不确定如何根据需要操作此功能。任何帮助将不胜感激。请参阅下面的代码和输出图片。

下图是输出。它没有我想要的颜色序列。

当前状态

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r - R:加权Joyplot/Ridgeplot/Density Plot?

我正在尝试使用ggridges包(基于ggplot2)创建一个游戏图。一般的想法是,joyplot 创建了很好的比例堆叠密度图。但是,我似乎无法使用加权密度产生其中之一。是否有某种方法可以将采样权重(用于加权密度)合并到创建欢乐图的密度计算中?

这是ggridges包文档的链接:https : //cran.r-project.org/web/packages/ggridges/ggridges.pdf 我知道很多基于 ggplot 的包可以接受额外的美学,但我不知道如何为这种类型的几何对象添加权重。

此外,这里是 ggplot 中未加权的游戏图的示例。我正在尝试将其转换为加权图,其密度根据 pweight 加权。

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r - 是否可以从网络图中获取坐标?

我想重现具有相同(或接近)布局的网络图。我知道 igraph 具有 tkplot.getcoords() 功能。我想根据 gplot 的结果复制/get/set.seed 一组顶点坐标,这是 SNA 包的绘图功能。

我一直在寻找这样做的地方,但没有找到任何东西。任何帮助将非常感激。

编辑:添加了一个可重现的示例。我想让所有 9 个地块都具有相同的布局,而不使用 igraph::tkplot。

在此处输入图像描述

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r - ROCR / Gplot 问题

我正在尝试通过以下代码安装 ROCR 包

install.packages("ROCR") install.packages("gplots") library(gplots) library(ROCR)

但是,我收到以下错误:

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r - 忽略 R 中热图的邻接矩阵中低于阈值的值

我有一个邻接矩阵(netm),其共现大多为 0。当我使用以下方法绘制它时,我得到了下面的热图:

如何忽略矩阵中低于某个阈值的值?我不想在我的图形共现矩阵中绘制低于 3 的值。

在此处输入图像描述

数据快照(共现矩阵)

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r - 使用 gplots 中的 heatmap.2 函数自定义轴顺序

我需要使用按表中顺序排列的轴绘制热图。

我的数据是 csv 格式:

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r - 调整颜色热图

我有一个 8 行 5 列的 CSV 文件,如下所示:

我想要下面的 R 脚本来绘制我的集合的热图,其中值 [0;2] 为绿色,[2;3] 为黄色,[3;maxvalue] 为红色,颜色应连续演变时尚。

这是我目前正在尝试使用的代码:

但是,当我使用在互联网上找到的脚本时,出现以下错误:

如果您能告诉我如何用默认最大值替换 15 并相应地调整颜色范围和倾斜,我将不胜感激。

进一步的问题:

我还打算重新组织输出信息。我希望列和行标题位于顶部和左侧。此外,是否可以跟踪以下情况框周围的轮廓为 (x,y)=(4,1) (5,2) (6,3) (7,4) (8,5)

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r - 带有分类数据的维恩图

我有三个代表症状的分类向量。我想绘制一个维恩图,显示有多少人拥有一两个或三个。我试着做

图书馆(gplots)

维恩(列表(sym1,sym2,sym3))

但没有用

谢谢

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r - R:热图的行缩放无法正常工作

我目前正在为一些数据创建热图,其中每个项目 (OTU) 的值变化很大,所以我正在使用该scale="row"选项。

我假设这将对每一行使用相同的颜色渐变,因此始终存在最大颜色(深绿色)和最小颜色(白色)。然而,正如您在下面看到的,一些从白色变为白色,另一些从浅绿色变为深绿色或深绿色。

OTU表

这是我一直在使用的代码:

正如您在此处的数据中看到的那样,许多灰白色的值实际上是 0:

任何帮助将不胜感激!