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我有一个包含基因组数据的文件，我正在尝试为其创建数据的热图以及染色体信息的侧边栏。为了制作热图，我将文件中的数值转换为创建一个数据矩阵，然后我可以绘制该矩阵：

但是，我想添加一个额外的颜色侧栏来指示所述数据的染色体位置。特别是我希望只有两种颜色，如果它来自“chrX”，则说“黑色”，或者来自任何其他染色体的“黄色”。包含此信息的列不在我的数据矩阵中，我不确定如何将此信息包含到我的热图中。任何帮助将不胜感激！

我有以下代码执行分层聚类并将它们绘制在热图中。

哪个情节：

我想要做的是从图中的每个层次结构中获取集群成员，从而产生：

有没有办法做到这一点？

I have the following code that perform hiearchical clustering and plot them in heatmap.

What I want to do is to print the cluster member from each hierarchy of in the plot. I'm not sure what's the good way to do it.

I tried this:

But having problem in interpreting the result. What's the meaning of each value in the matrix? For example g9-9=8 . What does 8 mean here?

Your expert advice will be greatly appreciated.

我有多个类似于以下的热图：

现在，为了使这种多张图看起来更相似，我怎样才能让左上角的直方图总是介于 0 和 1 之间？

根据 yuk 的回答，我制作了这个版本：

现在色阶在 0 和 1 位之间，直方图仍然没有。

我有一个 331*9 双矩阵（名为 expr001）。它看起来像这样：

我正在使用 heatmap.2 生成热图

我得到下面的情节：

如何减小列的宽度？有什么建议么？

我有以下数据

我试图用 heatmap.2 功能阅读：

据我了解，它应该正确读取 data.frame 。但是为什么失败了？

更新： 我觉得很奇怪，因为这项工作，

的结构Ca与 my 相同dat2，不是吗？

我正在尝试使用heatmap.2包创建热图。我的数据中有很多NaN值，我想做的是以下内容。每次有一个NaN值时，只需将单元格着色为浅灰色（或其他一些中性色，可能是白色），并且所有其他值（它们是 log2 表达式）具有标准的绿色/黄色/红色配色方案. 这是我一直在使用的代码：

这在没有NaN值时效果很好，但是当数据有时NaN，我收到一条错误消息：

本质上，我想让它忽略NaN数据中的 's。我不确定如何处理。任何帮助将不胜感激。

我正在运行 R 3.0.2 并尝试gplots在 Mac OSX 10.9、CentOS 6.4 和 5.4 上安装。但它在所有平台上都失败了。主要原因应该是gdatarequiresgtools和gtoolsrequires gdata。

因此，如果有人尝试安装gtools或gdata单独安装，它会阻止您

但是，根据CRAN 包信息，依赖树应该是

那么有什么解决方法还是应该在上游报告？

编辑：

我设法通过修改gtools源代码来安装它们：

解压它（tar zxf ./gtools_3.2.0.tar.gz）然后删除文件中的行DESCRIPTION

然后gtools在本地安装

它应该被成功安装，从而解决了循环依赖。一个人可以通过

这个解决方案最初是由 Wush Wu 给出的。

我正在尝试使用heatmap.2但我没有得到单元格边框来制作热图。如果我设置了参数sepwidth但sepcolor它不起作用，我必须包含colsepandrowsep参数但仍然这样做，一些单元格边框没有绘制，有什么想法吗？

我存储 heatmap.2 返回的结果（在 gplots 库中），如下所示：hm <- heatmap.2(M)

是否可以稍后重新绘制热图，例如：绘图（hm），热图（hm）？