r - 为什么 R 中的 heatmap.2 无法读取数字数据框？

Question

我有以下数据

GOBPID  Term    col1 col2 col3 col4 col5
GO:0001659  temperature_homeostasis 3.49690559977475    0   0   0   0
GO:0001660  fever_generation    3.22606939096511    0   0   0   0

我试图用 heatmap.2 功能阅读：

library("gplots")
dat <- read.table("http://dpaste.com/1486837/plain/",header=TRUE)
dat   <- dat[,!names(dat) %in% c("GOBPID")];
dat2 <- dat[,-1]
rownames(dat2)<-dat[,1]
heatmap.2(dat2,symm=FALSE,trace="none");

据我了解，它应该正确读取 data.frame 。但是为什么失败了？

Error in heatmap.2(dat, symm = FALSE, trace = "none") : 
  `x' must be a numeric matrix

更新： 我觉得很奇怪，因为这项工作，

library("gplots")
round(Ca <- cor(attitude), 2)
heatmap.2(Ca, symm = FALSE, margins = c(6,6)) 

的结构Ca与 my 相同dat2，不是吗？

Answer 1

函数heatmap.2()期望 x 是数值矩阵。因此，您需要dat2使用函数将数据框转换为矩阵as.matrix()。

heatmap.2(as.matrix(dat2),symm=FALSE,trace="none")