问题标签 [gplots]

我正在使用 heatmap.2 对我的数据进行热图。我的数据由数值在 70 到 100 之间的矩阵组成（表示样本之间的相似性），我想定义没有渐变颜色的清晰障碍。

我用三个不同的输入矩阵做到了这一点，并且每次都省略了一个中断。我不知道为什么。这是一张图片：

http://s29.postimg.org/j3561w3uv/Keys.png

我为六个类定义了 6 种颜色，但其中一种被忽略了。前三个中断似乎大小相同（它们不应该是）。此外，直方图不遵循关键图表中的颜色中断，并且 x 轴缩放始终不同。

我在哪里失败？

谢谢！

这是从我的数据中获得的随机子矩阵：

从这一点来看，如果相关数据存在于某个丰度阈值之上，则似乎关键仅代表一个突破。我尝试了新的任意中断：

再一次，几个休息被忽略了。谢谢你的帮助！

基本上我想知道我是否可以生成一个热图，其中色阶基于每列中的值范围。该解决方案不一定要进行任何聚类或生成树状图。

我有一个包含一系列不同类型变量的数据框。有些是连续的，而另一些是虚拟变量或序数。我知道我需要将数据作为数字传递给任何聚类函数，并且 daisy() 函数是此处聚类的最佳选择。

我想生成一个热图，就像使用 heatmap 和 heatmap.2 生成的一样，但是缩放会导致可视化出现问题。这个问题帮助我弄清楚如何让 daisy() 与 heatmap.2 一起工作，但按列缩放意味着分配给虚拟变量的颜色因列而异。例如，对于具有虚拟变量的所有列，而不是 red=1 和 white=0，阴影非常归因于不同的平均值和标准偏差。或者，如果我关闭缩放，整个数据集的阴影几乎没有变化。似乎颜色的范围是基于整个数据框的范围，而不是每一列。

当我有时间时，我会尝试添加一些示例。

编辑

好的，这显然不清楚。

我遇到的热图示例根据整个数据帧的最小值和最大值来缩放颜色。因此，给定这样的数据框：

我将蓝色设置为最低单元格，白色表示中间值，红色表示最高单元格。结果将如下所示：

相反，我希望比例取决于每列中的值，结果如下所示：

I am plotting means of grouped data and I'm having trouble getting the legends to be right. The text is so large that one can only see the names of two groups, not all four. I have spent a long time trying to use cex-like commands to change the size, but it doesn't work. I have tried rotating them with las=3, but it doesn't work.

I cannot share the data, but the code is here:

Preferably, I'd like to simply make the text smaller, so it can fit. Alternatively, I'd like to rotate it so it can fit (perhaps along with a margin change). If not what else?

One can suppress the legends with xaxt="n", but then one has to add them some other way. Can it really not be done within the plotmeans() function?

我已经使用 ggplot2 制作了两个单独的散点图，我需要将它们组合成一个图。每个地块都是针对在三种不同处理（背景）下的蜥蜴种群。对于每个情节，我有以下内容：

我试过了

但我收到一条错误消息：“p + o 中的错误：二进制运算符的非数字参数此外：警告消息：“+”的不兼容方法（“+.gg”，“Ops.data.frame”）“

我也试过

但这会将一个地块放在另一个地块之上，但我需要将两个地块组合起来，这样它们基本上只是一个地块，但有两个单独的图例，因为每个地块都有不同的约定来指示不同的蜥蜴种群。

任何帮助将不胜感激。

****编辑**** 2014 年 12 月 12 日

我已经设法将这两个情节合二为一，但仍然存在单独图例的问题。为了尝试简化问题，并根据 cdeterman 的要求，我添加了带有一些示例数据的更简单形式的代码：

我使用以下代码制作了一个包含两个数据框的图：

这将生成一个图表，其中每个数据框以不同的符号表示（p1 为圆圈，p2 为三角形），但只有一个组合图例，三角形叠加在圆圈上）。如何获得两个单独的图例，每个数据框一个？

谢谢！

我正在尝试heatmap.2使用 Rmarkdown 生成绘图并打印到 pdf_document。

无论我heatmap.2是从控制台还是在 .Rmd 中调用，情节都完全符合我的要求。但另外，我收到错误消息：

我可以强制 knitr 继续使用 进行处理error=TRUE，但仍然会打印错误消息。我也设置了

我认为这会抑制消息，但事实并非如此。我已经尝试invisible()按照这个问题使用，但它似乎什么也没做。

我还尝试通过调整我的绘图参数来“修复”错误，heatmap.2但没有成功——当我的一列lhei太瘦时，它似乎在抱怨。由于情节看起来不错，除非没有其他方法可以抑制此错误消息，否则我并不担心。

如何在我的 Rmarkdown pdf 中隐藏此错误消息？

我使用了以下代码：

生成以下热图：

如您所见，行标签已被截断（例如，第一个标签应该是 be ENSMUSG00000000088，但仅ENSMUSG0显示）。如何重新调整绘图大小以包含整个标签？

我想尝试通过调用 heatmap.2 来生成一个生成热图的函数。除其他外，我想通过调用 add.expr 来生成绘图的标题，例如：

标题字符串是另一个函数传递给函数的字符向量：

当我尝试运行我的函数时，出现以下错误：

as.graphicsAnnot(text) 中的错误：找不到对象 'titlestring' 我确实知道 titlestring 是在我的功能范围内定义的，因为我使用我测试了这个print() 问题，我认为问题与mtext()期望 exprssion 对象的事实有关，所以我使用as.expression(). 但我仍然得到这个错误。

知道可能是什么问题吗？

提前致谢

多列夫·拉哈特

我正在尝试使用 heatmap.2 绘制一个范围内的值矩阵。列是范围（例如，0 到 100）。列标签过多，无法清晰显示。有没有办法显示每 N 个（0、10、20 等）？我希望显示所有值，但我只是不希望它们都被标记。

我想比较 4 个置信区间。我有一个以 2 个间隔进行的示例，但不能使其与 4 个并排工作。

这是 2 个间隔的工作脚本。这VMP0$LOAD是我的数据。

我想知道如何生成一个从 0 到 100 的自动化序列，每个数字只有 5 个位置，其余的应该是 NA 值。最后我想要这样的东西：

我已经像这样手动完成了这个示例，但它很耗时：

seq()我在函数中找不到执行此操作的选项。

这个问题是因为我在用包的功能做热图，heatmap.2()列gplots标签太近看不懂。我也不能每 5 或 10 个位置设置标签。这就是为什么我需要生成我自己的带有 NA 值的标签序列以避免这种重叠。

欢迎任何建议:)