问题标签 [gplots]

我尝试使用在 R 中安装包 gplots

但是，它会返回警告和错误

我尝试安装另一个绝对应该可用的软件包（我之前已经用这个版本的 R 安装过），但它也失败了，并出现了同样的警告。有谁知道为什么我无法访问这些存储库？

我在 gplots 库中使用了 venn 函数。

这是一个简单的例子。

这是输出：

我的问题是如何使每个组的这张图片都色彩鲜艳？（基本上让它更花哨！：D）

我尝试了另一个包，但由于我的数据不是数字，他们不会接受字符来制作图表！

任何帮助/建议将不胜感激。提前致谢，

我想使用类似于下面的 R studio 制作一个绘图（在 Arc Map 中创建）

我尝试了以下代码：

该代码的输出如下所示：

有几点需要注意。首先，R 版本中缺少分水岭 shapefile。那也行。

其次，R 图中较深的灰色背景是无数据值。在 Arc 中，它们不显示，但在 R 中，它们与 gplot 一起显示。当我使用 raster 包中的“绘图”时，它们不会显示：

我的问题如下：

1. 如何摆脱“gplot”示例中的深灰色 NoData 填充？
2. 如何将图例（颜色条）设置为合理的（例如在 ArcMap 和栅格“绘图”图例中？）
3. 如何控制颜色图？

需要注意的是，我尝试了许多不同版本的

等等，但我得到错误，例如

最后，一旦我有了绘制其中一张地图的解决方案，我想在一个图形上绘制多个地图并为整个面板创建一个颜色栏（即所有地图的一个颜色栏），我希望能够控制颜色条的位置和颜色条的大小。这是我可以用 grid.arrange 做的一个例子，但我不知道如何设置单个颜色条：

输出是这样的：

shapefile 和光栅文件可在以下链接中找到：

https://drive.google.com/open?id=0B5PPm9lBBGbDTjBjeFNzMHZYWEU

非常感谢提前。

devtools::session_info() 会话信息 ------------------------------------------ -------------------------------------------------- ------------------------- 设置值
版本 R 版本 3.1.1 (2014-07-10) system x86_64, darwin10.8.0
ui RStudio (0.98 .1103)
语言 (EN)
整理 en_US.UTF-8
tz America/Los_Angeles

软件包------------------------------------------------- -------------------------------------------------- ---------------------- 包 * 版本日期 来源
bitops 1.0-6 2013-08-17 CRAN (R 3.1.0) 颜色空间 1.2-6 2015-03-11 CRAN (R 3.1.3) devtools 1.8.0 2015-05-09 CRAN (R 3.1.3) 摘要 0.6 .4 2013-12-03 CRAN (R 3.1.0) ggplot2 * 1.0.1 2015-03-17 CRAN (R 3.1.3) ggthemes * 2.1.2 2015-03-02 CRAN (R 3.1.3) git2r 0.10 .1 2015-05-07 CRAN (R 3.1.3) gridExtra 0.9.1 2012-08-09 CRAN (R 3.1.0) gtable 0.1.2 2012-12-05 CRAN (R 3.1.0) hexbin * 1.26。 3 2013-12-10 CRAN (R 3.1.0) lattice * 0.20-29 2014-04-04 CRAN (R 3.1.1) latticeExtra * 0.6-26 2013-08-15 CRAN (R 3.1.0) magrittr 1.5 2014 -11-22 CRAN (R 3.1.2) MASS 7.3-33 2014-05-05 CRAN (R 3.1.1) memoise 0.2.1 2014-04-22 CRAN (R 3.1.0) munsell 0.4.2 2013-07 -11 CRAN (R 3.1.0) plyr 1.8。2 2015-04-21 CRAN (R 3.1.3) 原型 0.3-10 2012-12-22 CRAN (R 3.1.0) 光栅 * 2.2-31 2014-03-07 CRAN (R 3.1.0) rasterVis * 0.28 2014 -03-25 CRAN (R 3.1.0) RColorBrewer * 1.0-5 2011-06-17 CRAN (R 3.1.0) Rcpp 0.11.2 2014-06-08 CRAN (R 3.1.0) RCurl 1.95-4.6 2015- 04-24 CRAN (R 3.1.3) reshape2 1.4.1 2014-12-06 CRAN (R 3.1.2) rgdal * 0.8-16 2014-02-07 CRAN (R 3.1.0) 版本 1.0.0 2015-04 -22 CRAN (R 3.1.3) 尺度 * 0.2.4 2014-04-22 CRAN (R 3.1.0) sp * 1.0-15 2014-04-09 CRAN (R 3.1.0) stringi 0.4-1 2014-12 -14 CRAN (R 3.1.2) stringr 1.0.0 2015-04-30 CRAN (R 3.1.3) viridis * 0.3.1 2015-10-11 CRAN (R 3.2.0) XML 3.98-1.1 2013-06- 20 CRAN (R 3.1.0) 动物园 1.7-11 2014-02-27 CRAN (R 3.1.0)3) 原型 0.3-10 2012-12-22 CRAN (R 3.1.0) 光栅 * 2.2-31 2014-03-07 CRAN (R 3.1.0) rasterVis * 0.28 2014-03-25 CRAN (R 3.1.0) RColorBrewer * 1.0-5 2011-06-17 CRAN (R 3.1.0) Rcpp 0.11.2 2014-06-08 CRAN (R 3.1.0) RCurl 1.95-4.6 2015-04-24 CRAN (R 3.1.3) reshape2 1.4.1 2014-12-06 CRAN (R 3.1.2) rgdal * 0.8-16 2014-02-07 CRAN (R 3.1.0) 版本 1.0.0 2015-04-22 CRAN (R 3.1.3) 规模 * 0.2.4 2014-04-22 CRAN (R 3.1.0) sp * 1.0-15 2014-04-09 CRAN (R 3.1.0) stringi 0.4-1 2014-12-14 CRAN (R 3.1.2) stringr 1.0 .0 2015-04-30 CRAN (R 3.1.3) viridis * 0.3.1 2015-10-11 CRAN (R 3.2.0) XML 3.98-1.1 2013-06-20 CRAN (R 3.1.0) zoo 1.7- 11 2014-02-27 CRAN (R 3.1.0)3) 原型 0.3-10 2012-12-22 CRAN (R 3.1.0) 光栅 * 2.2-31 2014-03-07 CRAN (R 3.1.0) rasterVis * 0.28 2014-03-25 CRAN (R 3.1.0) RColorBrewer * 1.0-5 2011-06-17 CRAN (R 3.1.0) Rcpp 0.11.2 2014-06-08 CRAN (R 3.1.0) RCurl 1.95-4.6 2015-04-24 CRAN (R 3.1.3) reshape2 1.4.1 2014-12-06 CRAN (R 3.1.2) rgdal * 0.8-16 2014-02-07 CRAN (R 3.1.0) 版本 1.0.0 2015-04-22 CRAN (R 3.1.3) 规模 * 0.2.4 2014-04-22 CRAN (R 3.1.0) sp * 1.0-15 2014-04-09 CRAN (R 3.1.0) stringi 0.4-1 2014-12-14 CRAN (R 3.1.2) stringr 1.0 .0 2015-04-30 CRAN (R 3.1.3) viridis * 0.3.1 2015-10-11 CRAN (R 3.2.0) XML 3.98-1.1 2013-06-20 CRAN (R 3.1.0) zoo 1.7- 11 2014-02-27 CRAN (R 3.1.0)0) 光栅 * 2.2-31 2014-03-07 CRAN (R 3.1.0) rasterVis * 0.28 2014-03-25 CRAN (R 3.1.0) RColorBrewer * 1.0-5 2011-06-17 CRAN (R 3.1.0 ) Rcpp 0.11.2 2014-06-08 CRAN (R 3.1.0) RCurl 1.95-4.6 2015-04-24 CRAN (R 3.1.3) reshape2 1.4.1 2014-12-06 CRAN (R 3.1.2) rgdal * 0.8-16 2014-02-07 CRAN (R 3.1.0) rversions 1.0.0 2015-04-22 CRAN (R 3.1.3) 规模 * 0.2.4 2014-04-22 CRAN (R 3.1.0) sp * 1.0-15 2014-04-09 CRAN (R 3.1.0) stringi 0.4-1 2014-12-14 CRAN (R 3.1.2) stringr 1.0.0 2015-04-30 CRAN (R 3.1.3) viridis * 0.3.1 2015-10-11 CRAN (R 3.2.0) XML 3.98-1.1 2013-06-20 CRAN (R 3.1.0) 动物园 1.7-11 2014-02-27 CRAN (R 3.1.0)0) 光栅 * 2.2-31 2014-03-07 CRAN (R 3.1.0) rasterVis * 0.28 2014-03-25 CRAN (R 3.1.0) RColorBrewer * 1.0-5 2011-06-17 CRAN (R 3.1.0 ) Rcpp 0.11.2 2014-06-08 CRAN (R 3.1.0) RCurl 1.95-4.6 2015-04-24 CRAN (R 3.1.3) reshape2 1.4.1 2014-12-06 CRAN (R 3.1.2) rgdal * 0.8-16 2014-02-07 CRAN (R 3.1.0) rversions 1.0.0 2015-04-22 CRAN (R 3.1.3) 规模 * 0.2.4 2014-04-22 CRAN (R 3.1.0) sp * 1.0-15 2014-04-09 CRAN (R 3.1.0) stringi 0.4-1 2014-12-14 CRAN (R 3.1.2) stringr 1.0.0 2015-04-30 CRAN (R 3.1.3) viridis * 0.3.1 2015-10-11 CRAN (R 3.2.0) XML 3.98-1.1 2013-06-20 CRAN (R 3.1.0) 动物园 1.7-11 2014-02-27 CRAN (R 3.1.0)28 2014-03-25 CRAN (R 3.1.0) RColorBrewer * 1.0-5 2011-06-17 CRAN (R 3.1.0) Rcpp 0.11.2 2014-06-08 CRAN (R 3.1.0) RCurl 1.95-4.6 2015-04-24 CRAN (R 3.1.3) reshape2 1.4.1 2014-12-06 CRAN (R 3.1.2) rgdal * 0.8-16 2014-02-07 CRAN (R 3.1.0) 版本 1.0.0 2015 -04-22 CRAN (R 3.1.3) 尺度 * 0.2.4 2014-04-22 CRAN (R 3.1.0) sp * 1.0-15 2014-04-09 CRAN (R 3.1.0) stringi 0.4-1 2014 -12-14 CRAN (R 3.1.2) stringr 1.0.0 2015-04-30 CRAN (R 3.1.3) viridis * 0.3.1 2015-10-11 CRAN (R 3.2.0) XML 3.98-1.1 2013- 06-20 CRAN (R 3.1.0) 动物园 1.7-11 2014-02-27 CRAN (R 3.1.0)28 2014-03-25 CRAN (R 3.1.0) RColorBrewer * 1.0-5 2011-06-17 CRAN (R 3.1.0) Rcpp 0.11.2 2014-06-08 CRAN (R 3.1.0) RCurl 1.95-4.6 2015-04-24 CRAN (R 3.1.3) reshape2 1.4.1 2014-12-06 CRAN (R 3.1.2) rgdal * 0.8-16 2014-02-07 CRAN (R 3.1.0) 版本 1.0.0 2015 -04-22 CRAN (R 3.1.3) 尺度 * 0.2.4 2014-04-22 CRAN (R 3.1.0) sp * 1.0-15 2014-04-09 CRAN (R 3.1.0) stringi 0.4-1 2014 -12-14 CRAN (R 3.1.2) stringr 1.0.0 2015-04-30 CRAN (R 3.1.3) viridis * 0.3.1 2015-10-11 CRAN (R 3.2.0) XML 3.98-1.1 2013- 06-20 CRAN (R 3.1.0) 动物园 1.7-11 2014-02-27 CRAN (R 3.1.0)3) reshape2 1.4.1 2014-12-06 CRAN (R 3.1.2) rgdal * 0.8-16 2014-02-07 CRAN (R 3.1.0) 版本 1.0.0 2015-04-22 CRAN (R 3.1.3 ) 尺度 * 0.2.4 2014-04-22 CRAN (R 3.1.0) sp * 1.0-15 2014-04-09 CRAN (R 3.1.0) stringi 0.4-1 2014-12-14 CRAN (R 3.1.2 ) stringr 1.0.0 2015-04-30 CRAN (R 3.1.3) viridis * 0.3.1 2015-10-11 CRAN (R 3.2.0) XML 3.98-1.1 2013-06-20 CRAN (R 3.1.0)动物园 1.7-11 2014-02-27 CRAN (R 3.1.0)3) reshape2 1.4.1 2014-12-06 CRAN (R 3.1.2) rgdal * 0.8-16 2014-02-07 CRAN (R 3.1.0) 版本 1.0.0 2015-04-22 CRAN (R 3.1.3 ) 尺度 * 0.2.4 2014-04-22 CRAN (R 3.1.0) sp * 1.0-15 2014-04-09 CRAN (R 3.1.0) stringi 0.4-1 2014-12-14 CRAN (R 3.1.2 ) stringr 1.0.0 2015-04-30 CRAN (R 3.1.3) viridis * 0.3.1 2015-10-11 CRAN (R 3.2.0) XML 3.98-1.1 2013-06-20 CRAN (R 3.1.0)动物园 1.7-11 2014-02-27 CRAN (R 3.1.0)0 2015-04-30 CRAN (R 3.1.3) viridis * 0.3.1 2015-10-11 CRAN (R 3.2.0) XML 3.98-1.1 2013-06-20 CRAN (R 3.1.0) 动物园 1.7-11 2014-02-27 CRAN (R 3.1.0)0 2015-04-30 CRAN (R 3.1.3) viridis * 0.3.1 2015-10-11 CRAN (R 3.2.0) XML 3.98-1.1 2013-06-20 CRAN (R 3.1.0) 动物园 1.7-11 2014-02-27 CRAN (R 3.1.0)

我正在尝试使用 4 种不同颜色制作数据集的 barplot2（上传时间太长）。问题是，只有 3/4 是彩色的，它跳过了第一条。我在谷歌上搜索过我写的是否正确，但它应该是正确的。我也试过用数字而不是名字来写颜色

但我得到了相同的结果，它跳过了第一个小节。

我尝试过的： 在提出问题之前，我已经在 Stackoverflow 上查看过，但我没有找到解决问题的方法，而且我也尝试过 Google。由于我的数据集太长，我只会上传相关代码，我希望你喜欢:)

结果：

编辑：没有na的：

我想使用包中的heatmap.2函数创建一个热图gplots。这是一个最小的例子。

问题是sidecolors。x是一个对称矩阵，因此列和行应该具有相同的侧色。只要revC = FALSE. 但是，当我使用revC = TRUE颜色的顺序时就搞砸了。有时 - 在小例子中 - 它有助于扭转ColSideColors，但这并不总是有效。

我做错了什么还是这是一个gplots错误？

这是我的可重现代码示例。除了没有添加轴标题/标签外，所有内容在图表中看起来都应该如此。尽管遵循了函数文档中的说明，但我真的很难弄清楚如何修复它。帮助将不胜感激 - 在此先感谢。

我正在尝试使用 R 中 gplots 库中的函数 heatmap.2 绘制热图。主要问题是它分别生成三个独立的图，而它以前运行良好。似乎图书馆中的某些东西发生了变化，但我一直在玩很多，找不到任何解决方案。有没有人遇到过同样的问题？

我正在制作热图，但我无法将结果分配到变量中以在绘图前检查结果。Rstudio 自动绘制它。我想按热图的顺​​序获取行名列表。我不确定这是否可能。我正在使用这段代码：

我有如下数据。我发现我的数据（染色体位置）之间存在连锁不平衡（LD），现在我喜欢绘制像热图或其他显示列 S1 和 S2 之间关系的图。

输入：

提前感谢您的帮助。

我正在使用rmarkdownviaR-Studio并想heatmap通过heatmap.2. strCol当我通过选项更改列标签的角度时，我会在输出 PDF 文件NULL 之前打印一条消息。 附上一个最小的代码重现问题：heatmap

PDF看起来像

有没有办法NULL从 PDF 输出中删除它？