问题标签 [gplots]

如何绘制一个环绕并覆盖两行的文本，使其不覆盖下一行？这是一个例子：

很容易看出，text标题中的单词涵盖了第一 (1)。

因此，我查看了许多类似主题的帖子，但似乎都不是我所需要的，或者我根本不了解他们提供的解决方案......所以就这样......

我用 lme4 运行了一个混合效应模型来查看一些黑猩猩数据。我有两个因素（攻击率；交配率）会影响我的依赖（喂食时间）。

我想制作两个散点图，显示每个预测变量和结果变量之间的关系，但我想画一条线，它来自模型估计（而不是 (lm(y ~ x )) 类型，它只给出一个简单的回归线，而不是基于完整 LMM 的回归线）。

我有一种感觉，这只有 ggplot2 才有可能，但我还没有真正弄清楚如何做到这一点。花了一天的大部分时间浏览书籍和论坛，我希望这可能有一个相当直接的答案，如果有人知道他们在做什么。

感谢您提前提供任何提示！

亚历克斯

我在 OSX (v. 10.9.2) 上运行 R (v. 3.0.3)。

尝试使用以下命令在 R Studio 中安装“gplots”包时，出现错误：

我看到其他人有同样的问题，但是按照建议更新到最新的 R 版本并没有解决问题

关于我做错了什么的任何建议？

我正在使用“gplots”包中的 heatmap.2 函数，并希望调整可视化输出。

我想获得一个对称的配色方案，我已经使用 scale="row" 选项实现了这一点。但是，这样做时，我的范围会缩小到一个小区间 c(-1 , 1)。我的数据范围是 c(-1.2 , 2.97)，我希望配色方案能够捕获我的数据的完整分辨率。我可以将颜色范围指定为例如 c(-3,3) 还是有另一种方法可以获得更高分辨率的数据

这是我的代码

生成此图

我想修复的另一件事是删除颜色键的标题并能够手动指定颜色键的轴标签。谢谢

嗨，我正在使用 Rgplots为我的项目创建热图。到目前为止，我已经编写了这段代码并成功创建了一个热图：

但现在我想在现有的热图中添加另一列数据，它有一个单独的配色方案。请评论。

我正在尝试为我的数据准备热图，但我不知道为什么会出现此错误。

我的数据：

我用来创建热图的代码（它适用于其他数据）：

我什至尝试将 Na/NaN/Inf 替换为 0 以避免出现问题：

但错误仍然出现：

我按照教程安装了闪亮的服务器：here。服务器已自动启动，如以下消息所示：

然后，我在 /etc/shiny-server 上创建了一个文件夹，并在其中使用以下配置创建了 shiny-server.conf 文件：

我在 /var/www 下创建了一个名为 shiny-server 的文件夹，并将一个 Web 应用程序放在 /var/www/shiny-server 中的一个名为 dummy 的文件夹下（即 /var/www/shiny-server/dummy）。最后，我再次启动了闪亮服务器（sudo start shiny-server）。我收到服务器正在运行的消息。但是，当我打开网络浏览器并输入：

我什么都没有。

我能够从 R 中启动闪亮的应用程序，所以我假设闪亮的安装正确。有人可以帮我解决我的问题吗？

我有一个看起来像这样的数据：

在这个数据表中，我想使用第二列并准备一个线和点图，其中 x 轴上的值和 y 上的因子水平（第 2 列是一个因子）。使用 ggplot 我无法绘制线和点图，因为它需要 x 和 y 轴数据。对于因子，只有条形图是可能的。条形图如下所示：

所以数值在 x 轴上，水平在 y 轴上。

除了这个条形图，是否可以使用 ggplot 绘制线和点图（如果我将多个数据一起包含多条线）？？？？？？

代码：

谢谢

我希望能够将两个 RowSideColor 条与 R 包图中的 heatmap.2 函数一起使用，但我不知道该怎么做。我之前在堆栈溢出时看到过这个问题，虽然这个问题得到了答复，但答复并没有解决这个问题。将因子添加到输入数据矩阵将不起作用，因为它会影响层次聚类的结果。如果有必要，我愿意使用其他类似热图的功能来实现我的目标。

谢谢，布拉德

我正在使用 perl-cgi 调用

my $call = qx(Rscript tcga_analysis.R $bg_name $ctr_name $set $user);

当我Rscript myRscript.R在服务器上使用 unix 时它可以工作，但从 perl 我似乎无法加载任何包。我收到以下错误（来自 Apache 日志）：

Error in library(gplots) : there is no package called 'gplots'

使用 .libPaths()：

这在主文件夹中显示了我的个人图书馆。

我尝试使用

但我lib.loc error听说那里没有图书馆树。我什.Rprofile至在工作目录中创建了一个包含库路径的文件，但没有成功。我也尝试添加pos=1但没有成功...

但是，如果我打开 R 并调用library(gplots)它就可以了

我需要让它从 perl 调用 Rscript，因为它是分析管道的一部分，它使用 Web 界面 -> perl-cgi -> R 来分析一些数据！

谢谢 ：）