r - 无法使用 Rscript 命令在服务器上加载 R 库

Question

我正在使用 perl-cgi 调用

my $call = qx(Rscript tcga_analysis.R $bg_name $ctr_name $set $user);

当我Rscript myRscript.R在服务器上使用 unix 时它可以工作，但从 perl 我似乎无法加载任何包。我收到以下错误（来自 Apache 日志）：

Error in library(gplots) : there is no package called 'gplots'

使用 .libPaths()：

> .libPaths()
[1] "/home/sbattaglia/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.1"
[2] "/usr/lib64/R/library"
[3] "/usr/share/R/library"

这在主文件夹中显示了我的个人图书馆。

我尝试使用

library(gplots, lib.loc="/home/sbattaglia/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.1")

但我lib.loc error听说那里没有图书馆树。我什.Rprofile至在工作目录中创建了一个包含库路径的文件，但没有成功。我也尝试添加pos=1但没有成功...

但是，如果我打开 R 并调用library(gplots)它就可以了

我需要让它从 perl 调用 Rscript，因为它是分析管道的一部分，它使用 Web 界面 -> perl-cgi -> R 来分析一些数据！

谢谢 ：）

Answer 1

我将发布与@floded 聊天中出现的答案。

基本上，这些库位于服务器上对 Apache 不可见的文件夹中。我在 .R 和 .cgi 文件所在的位置重新下载了我需要的包，指定library(gplots, lib.loc="correctPathToLibrary")了它并且它工作了:)