r - 使用 heatmap.2 创建侧边栏

Question

我有一个包含基因组数据的文件，我正在尝试为其创建数据的热图以及染色体信息的侧边栏。为了制作热图，我将文件中的数值转换为创建一个数据矩阵，然后我可以绘制该矩阵：

Heatmap <- heatmap.2(DataMatrix, trace="none", col=greenred, key=T, keysize=1.5, labRow=NA, density.info="none", Colv=FALSE)

但是，我想添加一个额外的颜色侧栏来指示所述数据的染色体位置。特别是我希望只有两种颜色，如果它来自“chrX”，则说“黑色”，或者来自任何其他染色体的“黄色”。包含此信息的列不在我的数据矩阵中，我不确定如何将此信息包含到我的热图中。任何帮助将不胜感激！

Answer 1

该heatmap.2函数有一个RowSideColors用于此目的的参数，正如您可能从文档中推断的那样：

RowSideColors：（可选）长度为“nrow(x)”的字符向量，包含可用于注释“x”行的垂直侧边栏的颜色名称。

我最近还发现了NMFaheatmap包中的函数，它可以在热图上使用任意数量的注释行/列制作漂亮的热图。在该主页上，您会找到几个指向热图示例的链接。