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我正在运行 R 3.0.2 并尝试gplots在 Mac OSX 10.9、CentOS 6.4 和 5.4 上安装。但它在所有平台上都失败了。主要原因应该是gdatarequiresgtools和gtoolsrequires gdata。

因此，如果有人尝试安装gtools或gdata单独安装，它会阻止您

> install.packages("gtools")
also installing the dependency ‘gdata’
...
ERROR: dependency ‘gtools’ is not available for package ‘gdata’
ERROR: dependency ‘gdata’ is not available for package ‘gtools’

但是，根据CRAN 包信息，依赖树应该是

gplots --> gdata --> gtools
A --> B: A depends on B

那么有什么解决方法还是应该在上游报告？

编辑：

我设法通过修改gtools源代码来安装它们：

> download.packages("gtools", destdir=".")  # currently 3.2.0

解压它（tar zxf ./gtools_3.2.0.tar.gz）然后删除文件中的行DESCRIPTION

# in gtools/DESCRIPTION
Imports: gdata  # <-- remove this line

然后gtools在本地安装

> install.packages("gtools", repos=NULL)
...
file ‘DESCRIPTION’ has the wrong MD5 checksum
...

它应该被成功安装，从而解决了循环依赖。一个人可以通过

> install.packages("gplots")

这个解决方案最初是由 Wush Wu 给出的。

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1 回答 1

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我是 gtools 的维护者。

确实，gtools 3.2.0 中存在循环依赖，我在星期六将其推送到 CRAN。

CRAN 已将 gtools 回滚到 3.1.1（在问题之前），我刚刚将 gtools 3.2.1 提交给 CRAN（纠正了问题）。

-格雷格

于 2014-01-13T14:22:21.317 回答