问题标签 [emmeans]

附加关键字： 最佳线性无偏估计器 (BLUE)、调整均值、混合模型、固定效应、线性组合、对比度、R

mmer()在使用sommer包拟合模型后- 是否可以从对象获得估计的边际均值 ( emmeans()) /最小二乘均值 (LS-means)mmer？也许类似于predict()ASReml-R v3 的功能？

实际上，我想要多件东西，也许单独要求它们更清楚：

1. emmeans 自己和他们的
2. 标准误差（se）
3. 作为每个级别的平均值旁边的列
4. emmeans 的方差-协方差矩阵（参见predict(..., vcov=T)）
5. 手段与手段的对比
6. 差值的标准误 (sed)
7. 均值之间的所有成对差异，最好使用事后检验（参见emmeans(mod, pairwise ~ effect, adjust="Tukey")
8. Sed 矩阵（见predict(..., sed=T)）
9. 最小、平均和最大 sed
10. 自定义对比

所以，是的，基本上是混合predict()和emmeans()将是这里的目标。

提前致谢！

我正在关注使用 emmeans 检查交互的小插图 https://cran.r-project.org/web/packages/emmeans/vignettes/interactions.html

但我使用的是我自己的数据集（all.det）——它确实有重要的交互作用。all.det 包含 12 个变量的 1621 个观测值，其中 3 个是因子。我确实尝试创建一个可重现的示例，但还没有弄清楚如何创建一个所有交互都很重要的示例。所以我希望这个描述足以让有人指出我哪里出错了。

我在用

我使用此代码运行方差分析

DistanceKm 是一个数值，Method、IDGroup 和 Sightability 是因子。

所有的交互都很重要，所以我按照小插图中的建议使用交互图来跟进

但我得到这些错误

我确实尝试创建我的数据的一个子集

然后重新运行模型，然后是 Anova

我得到了相同的 Anova 结果（如预期的那样），但现在我也能够无错误地生成交互图。

我只收到一个关于缺失值的警告

打电话给emmip时我错过了什么吗？

我有以下模型。数据文件在：https ://drive.google.com/open?id=1_H6YZbdesK7pk5H23mZtp5KhVRKz0Ozl

现在我想用置信区间和数据绘制回归模型，为每个基因型分开。我已经使用ggplot2并绘制了数据，但我无法添加带有置信区间的回归模型。

图表如下：

对于相同数据的下一次分析，与二次年龄没有交互：Genotypes*I(Age^2)，您将如何将具有置信区间的回归模型添加到图表中？

的线性斜率modelo_44是：

二次斜率是？

或摘要中的估计：I(Age^2) = -0.01511？我相信所有基因型的斜率都是恒定的，因为Genotypes*I(Age^2)相互作用尚未经过测试modelo_44：

问题

1. ggplot2如果我必须为模型绘图，如何在单独的图表中添加具有置信区间和每个基因型数据的回归模型，例如呈现的图表，使用或其他选项：modelo_43和modelo_44？
2. 我是否用emtrendsfor正确计算了二次斜率的估计值modelo_44，它是如何正确的？

非常感谢你的回复

我正在使用lsmeans/emmeansR 中的包在treatA 级别（二进制/因子变量）之间的响应中创建成对比较图。我可以使用 lsmeans（对比度）得到差异估计，但它只提供估计的 SE，而不是置信限。置信限仅针对个体效应提供，而非对比。任何人都可以帮助生成平均差异（对比度）的 CL 吗？

我最终希望制作这样的情节，但使用 CL 而不是 SE。

我有一个模型，它结合了一个虚拟变量和一个连续变量来描述干扰后的结果。因此，如果有干扰，我会在干扰后的 1:16 进行时间测量。如果最近没有干扰，则将结果编码为 -1 的假时间值。这是数据集的表示：

我所追求的是将“无干扰”估计与干扰后的不同时间进行比较，以查看差异何时变得显着。

在建模之前，将“无干扰”数据分配给时间 0。

然后，我将如何比较，例如，之前的估计与在Time==3、Time == 6和处的估计之后Time == 9？这样的事情会很棒，但我不知道如何解决我遇到的错误。

＃＃＃ 更新

在 rvl 的出色更改之后，我对我的实际数据进行了试运行，并遇到了一个新问题。我的实际时间变量不是整数，但我想在整数范围内进行预测。当我更新玩具示例时，嵌套似乎中断了：

在我自己的数据中（并使用at规范，我实际上只得到一行 for Time == 0and Exposure == Before，仅此而已 - 输出中没有其他内容......有什么建议吗？？

## 更新2

出于某种原因，该解决方案适用于玩具示例，但不适用于我自己的数据......这是我数据集的一小部分。模型拟合是奇异的，但我遇到的问题emmeans与我的整个数据集相同......帮助？

运行模型和 emmeans：

我一直在尝试计算我在 R 中的 lmer 和 glmer 的边际均值。我找到了 emmeans 函数，我一直在尝试理解它并将其应用于我的模型。我发现很难获得交互的方法，所以我只从加法预测器开始，但是该函数不能像示例中所示的那样工作（例如，这里https://cran.r-project.org /web/packages/emmeans/vignettes/sophisticated.html )

我得到的是：

只有一行，变量被平均而不是分成0和1（这是数据集中的值，也许问题是它是分类的？）我正在运行的模型是：

编辑：数据文件很大，我不知道如何从中提取有用的信息，但结构如下：

为什么该功能对我不起作用？作为另一个问题，当我包含变量 A 和 B 之间的交互时，有没有办法获得这些方法？

编辑2：好的，当我将其更改为因子时它确实有效，我想我的方法不正确。但是我仍然不确定当有交互时如何计算它？因为使用这种方法，R 说“注意：由于参与交互，结果可能会产生误导”

我想下载 lsmeans 包的 2.26-3 版本。

当我尝试下载旧版本的 lsmeans 软件包时发生错误。我尝试了两种方法来下载旧版本的 lsmeans。

选项1）

选项 2)

当我尝试任一选项时，系统会提示我：

“这些软件包有更新的版本可用。你想更新哪个。”

然后它列出了许多包。我试图选择“全部”和“无”这两个选项

我不断收到的主要错误代码是：

错误：（从警告转换）无法访问存储库的索引 http://glmmadmb.r-forge.r-project.org/repos/bin/windows/contrib/3.5：

无法打开 URL ' http://glmmadmb.r-forge.r-project.org/repos/bin/windows/contrib/3.5/PACKAGES '

为什么它会将我引导到这个不再存在的 glmmadmb.r 地址。有什么建议么？

试图弄清楚如何在 ANCOVA 中直观地展示调整后的均值是如何工作的。主要文献中有一些很好的已发表示例，但我无法使用 ggplot2 复制它们的可视化。我试图复制的例子：

Packard 和 Boardman 1999（图 2）和Barrett 2011（图 1）

使用“垃圾”数据的示例：

我正在运行具有多个因素和连续预测变量的回归模型。我需要跟进多重比较。在这篇文章之后，我能够emmeans正确运行，并且似乎得到了适当的成对比较。但是，当我尝试获取 CLD 输出时失败了。欢迎大家提出意见。

分析：

现在计算成对比较。这有效（基于与上述输出的手动比较）。

但是，当我运行时CLD，我得到一个错误......

我有一个混合设计，其中因子（组：ASD、CTR）和三个因子（时间：前、后；受托人：好、坏；步骤：1、2、3、4、5）之间的混合设计。

我使用 aov_car 执行了混合模型 anova（III 型）：

我得到了显着的三向交互：时间 * 受托人 * 步骤

我想通过对时间进行有计划的对比来分解交互（我只对不同受托人和步骤的前后对比感兴趣）。

这是我用的cos：

与时间比较的结果

默认情况下，pairs() 应该执行 Tuckey 校正。然而，没有对对比度进行校正。

只有当我使用 step 来划分对比时，才会出现 Tuckey 校正：

与步骤比较的结果

我猜这是因为 Time 只有两个级别（每个对比只是 post vs. pre），而 step 有 5 个级别（请参阅图片末尾的“tukey method for comparison a family of 5estimates”）。

所以这是我的问题：为什么pairs() 在第一种情况下不应用更正？即使 post 与 pre 只是一种对比，它也会进行 10 次（受托人和步骤的每种组合一次），因此我认为应该更正它。我应该怎么办？我要手动更正它们吗？如果是，如何？

我对这件事很困惑，如果这不是“统计良好”，我不想报告未更正的结果。

我希望我的问题足够清楚。感谢您的帮助！