问题标签 [emmeans]

我正在拟合一个断棒模型，并想用它emtrends()来拉出断点前后的斜率值。这里的代码是数据和分析的简化玩具版本。我不太清楚如何获得斜率 - 似乎在断点之前和之后得到相同的值。我究竟做错了什么？

我对每个食谱的简单效果（不是成对比较）感兴趣，所以基于这篇文章

现在我想使用 Tukey 的测试来纠正我的 p 值；这是可能的还是 Tukey 的测试仅适用于治疗之间的差异？

我用 glmmTMB 函数建立了一个模型，并用 emmeans 函数计算了我的意义。由于我的数据集太大，tukey 测试不起作用。不过，我想为我的重要性获得 p 值。这可能来自 emmeans 功能吗？

我有一个带有 log(x+1) 转换响应变量的混合效应模型。emmeans 类型为“响应”的输出提供了我正在比较的两组的均值和置信区间。但是我想要的是组之间差异的平均值和 CI（即估计值）。emmeans 仅提供比率（使用 type="response"）或对数比率（使用 type="link"），我不确定如何将其更改为绝对值。如果您在没有 log(x+1) 转换的情况下运行模型，则 emmeans 会提供估计的差异和围绕该差异的 CI，而不是比率。当我的响应变量转换为 log(x+1) 时，我还能如何做到这一点？

有没有办法直接使用 emmeans() 来获得效果大小（例如 Cohen 的 d 或最合适的）？

我找不到使用 emmeans() 来获得效果大小的任何东西

我正在尝试运行一个由 2 个固定效应变量组成的混合效应模型，其中第一个固定效应有两个级别，而另一个代表连续数据。连续数据是 pH 值，我有 12 个与我的处理块的不同子图相关联的唯一值。因为我使用的是连续数据，所以使用 cld(emmeans()) 框架只能给我 12 个唯一值的平均 pH 值，所以我有兴趣使用 emtrends() 来确定我的响应之间关系的斜率变量和 pH 值与 0 显着不同。

我已经尝试了后面的代码和这个评论。当我运行我的模型时，我们发现 pH 值对响应变量有显着影响。但是，当我尝试确定回归线的斜率是否与零显着不同时，我收到以下错误：“emm_basis.merMod(model, attr(data, "terms"), RG@model.info$ xlev，：缺少参数“选项”，没有默认值”

数据框示例：

所以我的 lmer 函数代码如下：

然后我用它来尝试 emtrends() 函数，该函数不起作用：

emtrends(lm, ~1, var = "pH")

我还尝试将“~1”与“~nitrogen_treat”交换，但我不断收到我上面提到的错误消息。我将不胜感激任何有关我收到这些错误消息的原因的见解！

我想在 x 轴上为每个级别设置一种颜色。我尝试了不同的方法通过col参数输入颜色，但它似乎不起作用。至今：

我正在使用emmeans对数转换来调整方法。

但出乎意料的是，当我尝试使用自定义函数调用它时，行为完全不同，没有明确的警告（除了关于日志转换的警告）。

这是一个可重现的示例：

在这里，函数内部和外部模型之间的唯一区别是call对象（用 测试all.equal()）。否则，它们会给出完全相同的结果。

这段代码不是我的，我只是想自动化它，假设“外部函数”输出是正确的。

为什么输出不一样？如何使emmeans呼叫自动化？

我正在运行一个线性模型，并希望将斜率上的一组点与 0 处的估计值进行比较。我的代码遵循此处的响应布局。输出似乎有一个单一的、相同的 p 值。我希望接近 0 的值具有高 p 值，而远离 0 的值具有小的 p 值。我绝对没想到在比较中会有相同的 p 值。有什么建议么？

玩具数据集：

我希望能够从 提供的类型的 GAM 中获取总体估计emmeans，以便绘制这些拟合值及其置信区间，然后进行一些后续分析。

我正在研究与此处描述的数据集类似的数据集：https ://rpubs.com/bbolker/ratgrowthcurves 。我在文档的末尾看到作者指出，如何最好地从模型中得出总体估计尚未解决，但一种选择可能是emmeans. 所以在这里我发布一个例子，看看人们是否认为这种方法是正确的，或者他们是否可以提出更好的包和方法。

我将使用“橙色”数据集作为示例，但为了使其适合我的问题，让我们首先添加一个“品种”因素：

创建一个以“variety”为因子和“tree”为随机效应的 GAM：

ggeffects 包似乎通过 emmeans 为绘图提供了很好的功能：

接下来，我可以自己提取估计的边际均值，例如在一个年龄范围内：

我的问题是：

1）如果我有兴趣使用这个 GAM 模型来比较“高”品种和“短”品种在 800 天龄时的估计平均差异，是否适合将这种成对比较基于 emmeans？

2）如果对不同地方的橙树生长进行了几项研究，并且我对元分析“高”和“短”品种树在某些年龄的周长平均差异感兴趣，使用平均差异是否合适Meta 分析的 emmeans 和方差？（emmeans 提供 SE，我认为这需要转换为标准偏差......）

3）......或者有人对上述任何一个有更好的建议吗？