问题标签 [emmeans]

我想知道如何提取emmean从包 中提取 和SE列。MWE 如下所示。emmGridemmeans R

这有效：

这有效：

这不会：

知道是什么原因造成的吗？

在我的包中使用emmeans R包后，我开始收到以下错误：

加载所需的命名空间：pbkrtest

失败并出现错误：'没有名为'pbkrtest'的包'

期间devtools::check_win_devel()。想知道这里有什么补救措施。

如何在 Emmet 中乘以文本？例如，

可以从以下位置获取以下引用的数据：https ://gist.github.com/markhwhiteii/6ce74461a789ddc6d04044de73d99939

我可以传递多项逻辑模型的交互，以通过硬编码来获得事后测试：

但是，我需要为此提供一个包装函数。如果我有作为变量的输入，然后传递这些as.formula()，那么我会收到一个错误：

调用emmeans生成：

似乎它来自multinom函数，因为我可以将粘贴的公式emmeans与硬编码multinom模型一起运行。这很奇怪，因为我已经让这种方法与lm、glm和clm模型一起使用。我查看了这两个model对象的结构，它们似乎是相同的。重要的是，model$terms两者是相同的。emmeans调用一个函数，该函数调用一个函数，该函数调用一个方法等，因此很难使用调试器找出错误发生在哪里。

想象一下我有两个单独的lm对象

在这种情况下，我想比较两个wt系数，并对两个模型中的系数相等的空值进行假设检验（出于技术原因，我实际上需要有两个模型，而不仅仅是包含交互）

我已经构建了一个解释协变量的模型。有两个因变量（“A”、“B”）和两个自变量（“C”、“D”）和一个连续协变量（“E”）。我按如下方式运行了MANCOVA：

这一切都很完美，我发现协变量对因变量有影响。因此，我想使用 emmeans 包来解释具有估计边际均值的协方差。但是，当我尝试运行以下代码时，我收到此错误：

这是我的数据：

我确信这个问题有一个简单的解决方法，但我有点迷茫，stackexchange 上几乎没有关于 emmeans 的问题！

我很难回到 emmeans 包给出的“CL”值。

我的第一个目标是进行一种功率研究：我正在研究植物，我想看看我可以在下个季节改进多少实验设计，以便在我的基因型之间产生更显着的差异。我的基因型是重复的，这被用作阻止因素。我想玩重复次数（假设均值和残差 SE 保持不变）。最后，我想在预算问题和统计能力之间找到一个折衷方案。

我正在考虑查看置信区间 (CI)，记住如果两种基因型的 CI 至少包含一个共同值，那么这两种基因型没有显着差异。所以我想看看在玩重复次数时我能减少多少 CI。

我对使用 Tukey 方法进行多重比较的 CI 计算的猜测是：

μi ± (σ/(2*√(ni)))*q

μi 是第 i 个基因型的平均值

ni 第 i 个基因型的观察次数，

σ 残差标准误差和

q 以 t（基因型的数量）和 dfE（残差的自由度）作为 α = 0.05 的参数的学生化范围统计

这相当于：

μi ± (SEi*q)/2

SEi 是第 i 个基因型的标准误

这是一个包含 6 个基因型和 3 个重复的小示例数据集以及我运行的代码：

请注意，大部分时间我都在处理不平衡的数据（所以我对每种基因型都有不同的 SE）。我想首先说明一个简单（=平衡）的情况。

到目前为止，对于我所做的每个测试，expected_CI 和 emmeans_CI 总是不同的（差别不大，但仍然不同），所以我想我的计算方式与 emmeans 包不同。所以这是我的问题：它是如何在 emmeans 包中完成的？

任何帮助将非常感激 ！

我想在 emmeans 中创建一个自定义对比函数，它可以从输入向量中删除给定的级别列表，并在剩余的级别上应用内置的对比方法（“trt.vs.ctrl”）。此处提供了一个示例数据集。我正在使用以下 R 代码来计算方差分析和事后比较：

内置对比度选项（“trt.vs.ctrl”）将第一个级别与其后面的所有内容进行比较（C 中有 7 个因子级别，我想删除其中的最后 3 个并计算剩余 4 个的对比度）。官方文档中提供了编写自定义对比函数的示例。

但是，由于我的理解有限，我不太确定在哪里应用我需要自定义示例的修改。有任何想法吗？

我试图在 aglm与二项式 dv 之后进行成对比较，并emmeans报告优势比，而我需要概率差异。

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