问题标签 [bioconductor]

尝试在 Ubuntu 10.04 上安装 xcms 时，我一直遇到依赖问题。使用当前的策略，我正在从源代码安装 xcms。

这是跟踪： rob@rob-desktop:~/Desktop$ sudo R CMD INSTALL xcms/ * 安装到库 '/home/rob/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.10'</p>

所以我用谷歌搜索了一段时间，试图弄清楚如何安装 mzR。

我试图打开 R 并使用：

来源（“http://bioconductor.org/biocLite.R”） biocLite（“mzR”）

这让我明白了：使用 R 版本 2.10.1，biocinstall 版本 2.5.11。安装 Bioconductor 2.5 版软件包：[1]“mzR”请稍候...

install.packages(pkgs = pkgs, repos = repos, ...) 中的警告：缺少参数“lib”：使用“/home/rob/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.10”警告消息：在 getDependencies(pkgs, dependencies, available, lib) 中：包 'mzR' 不可用

有什么线索吗？

我最近更新了 R，之前使用 limma 包编写的代码现在返回错误。

代码是

使用新版本的 R，以下命令

返回此错误消息...

我正在尝试生成一个简单的热图，其中每一行和每一列都由一条黑线分隔。但是，由于某种原因，这只发生在第一个和最后一个颜色上。我的命令中的中间颜色colorpanel() 有一条额外的水平和垂直线，我想在使用heatmap.2(). 关于我为什么看到这些行的任何建议？

链接到我得到的情节：https ://dl.dropbox.com/u/8900971/heatmap.png

我管理描述文件的依赖、建议和导入。最后我将我的包裹提交给CRAN. 但是在安装包的过程中，它只安装存放在CRANnot for bioconductorpackages下的包。此外，它对 Mac OS 有一个包依赖项错误： 检查 Mac OS 的日志

可能是什么问题呢？我怎么能修好它？

亲切的问候，

我正在使用 GenomicRanges 来查找一个实验的哪些转录本与另一个实验的转录本重叠。

我试图找到的是解决方案数据框中的命中之间的重叠段的宽度，但是我能得到的唯一宽度是与重叠过程之前的原始成绩单相关。

你能帮我请求吗？

我下载了 bioconductor 并尝试安装一个成功安装的软件包（“limma”），但是当我尝试更新 bioconductor 时，我不断收到与无效编译器选项有关的错误。它似乎特定于 gcc，gfortran 包安装没有问题。

这是输出：

我正在运行：Linux fedora 3.6.8-2.fc17.x86_64 gcc-4.7.2-2.fc17.x86_64 R 2.15.2 但是我在 /usr/bin 中看到的只是 gcc34，所以我不确定。我必须用 sudo 启动 R，因为除了包 data.tables 之外，它无权安装在目录中。

我想知道是否有人熟悉用于排序和获取差异表达基因的 Bioconductor RankProduct 包。有关该软件的一些信息如下纸、手册、文档。

我在使用程序时遇到了一些问题，可能是因为我对 R 语言知之甚少。我试图用我自己的数据复制上面 pdf 文件中的步骤。虽然我自己的数据集不像示例中那样在 afffy .cel 文件中，但仅作为制表符分隔文件中的行和列。我有两个条件（1 和 2，每个复制 = 4）

这是我的代码：

我确实运行了代码，但是我在一种情况下差异表达基因的倍数变化与另一种情况相比，要么是 0，要么是无穷大。我想知道是否有任何对此程序有经验的人可以帮助我。

我正在尝试使用 biomaRt 将超过 90k 探针 ID 的列表转换为基因符号，但是遇到了问题。使用 getBM 函数，我可以看到其中只有 22k 有对应的基因符号，但输出是一个长度为 22k 的向量，我无法看到与初始探针 ID 列表的对应关系。使用 getBMlist，我可以获得为那些不匹配的探测器指定的 na 值的输出，但该函数会给出一条警告消息，即 getBMlist 不适用于大型列表。如何获得 90k 基因符号和 na 值的输出？

高拉夫·潘迪

我使用了命令

起初它起作用了。但是在终端中重新启动它时，它显示了以下错误。-

如何解决这个问题。帮助,,,

我正在尝试从用户给出的一组基因中获取丰富的 GO 术语列表。我理解和实施的方式是：

我的输入是一个包含大约 500 个基因的 csv 文件。

在此之后我收到以下错误：

你能告诉我我哪里错了吗？我使用 TopGO 是否正确，即使我没有表达式值。