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我管理描述文件的依赖、建议和导入。最后我将我的包裹提交给CRAN. 但是在安装包的过程中，它只安装存放在CRANnot for bioconductorpackages下的包。此外，它对 Mac OS 有一个包依赖项错误： 检查 Mac OS 的日志

可能是什么问题呢？我怎么能修好它？

亲切的问候，

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在 R 3.0.2 中，以下工作：

setRepositories(ind=1:2)

在撰写本文时，该值ind可以采用值介于 1 和 8 之间的向量，其含义如下：

1:   CRAN
2:   BioC software
3:   BioC annotation
4:   BioC experiment
5:   BioC extra
6:   Omegahat
7:   R-Forge
8:   rforge.net

该列表是通过调用 获得的setRepositories(graphics=F)，它还允许交互式地选择要安装的存储库。

于 2013-12-09T19:42:19.967 回答
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这在任何地方都没有记录，但诀窍是您在文件中添加一行biocViews:（DESCRIPTION是的，它以冒号结尾，然后不需要列出任何内容，您可以将其保留为空白）。然后 R 将知道检查 bioconductor 存储库的包要求。

于 2016-07-25T21:10:58.900 回答
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install.packages()在 R 中默认情况下没有可以从 Bioconductor 安装的机制（至少不是默认情况下，我没有检查 BioC 是否具有 repo 基础结构以允许正确调用它）。[请参阅 Martin Morgan 的评论（如下），其中可以找到有关如何配置 R 以便install.packages()可以从 Bioconductor 存储库安装的说明。]

要安装 Bioconductor 软件包，通常会：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("limma")

这需要独立于install.packages().

Mac OS X 检查的错误可能是该特定服务器上的配置错误。正如@DWin 所说，您应该与 CRAN 一起解决这个问题，以找到该特定问题的根源。据我所知，CRAN 应该安装了所有的 Bioconductor 软件包。

于 2013-01-15T19:25:35.963 回答