r - 使用 R 2.15.2 使用的特定于 limma 的错误消息

Question

我最近更新了 R，之前使用 limma 包编写的代码现在返回错误。

代码是

classes = c(rep('Phenotype1',), rep('Phenotype 2',))
classes= as.factor(classes)
design=model.matrix(~classes-1)
colnames(design)=levels(classes) 
fit1= lmFit(exset, design)
cm=makeContrasts(Phenotype 1 - Phenotype 2, levels=design)
fit2= contrasts.fit(fit1,cm) 
fit3= eBayes(fit2)

使用新版本的 R，以下命令

fit2= contrasts.fit(fit1,cm)

返回此错误消息...

Error in .Call("La_chol", as.matrix(x), PACKAGE = "base") : 
Incorrect number of arguments (1), expecting 2 for 'La_chol'

Answer 1

limma 是来自 BioConductor 项目的一个包，每个版本的 R 都有一个关联的 BioConductor 版本。如果您在没有更新 BioConductor 软件包（包括 limma）的情况下更新了 R，则可能存在一些不兼容性。您确定您使用的是最新版本的 limma 和 BioConductor 吗？