问题标签 [bioconductor]

在 Windows XP 上，更新到 R 2.15.3 并更新所有库后，我不再能够从 BioConductor 加载“oligo”包。

要重新创建：

得到以下错误：

它提到的文件“C:/Program Files/R/R-2.15.3/library/affxparser/libs/i386/affxparser.dll”就在它应该在的地方。

sessionInfo() 返回：

.libPaths() 返回：

有没有使用该bioconductor软件包经验的人：Gviz知道如何AnnotationTrack直接在 a上添加一个DataTrack？

例如，ggplot2我可以使用 + 添加到预先存在的情节中geom_text，但我无法找到类似的功能Gviz

谢谢！

我正在尝试使用以下代码将两个数字绘制到一个 PDF 上：

问题是，这两个数字重叠了！（并且图中的row2仍然是空的）

我希望新鲜的眼睛会抓住我的错误。我究竟做错了什么？

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有人可以给我一个小例子，说明我导入 LIMMA 的微阵列数据在导入 R 时应该是什么样子？

我正在尝试从微阵列样本中破译差异调节的基因。谢谢。

我想知道是否有人知道一种方法来更改由csHeatmap()R 包 CummeRbund 中的函数生成的热图的基因 id 文本标签？我知道这是一个 ggplot 对象，但我找不到一种方法来 1）按照它们在图像中呈现的顺序提取基因 id 或 2）修改它们的相对大小。现在，文本太大而无法阅读。

有没有人遇到过这个问题？

任何想法，将不胜感激。谢谢！

我有以下来自测试和控制的表达数据，每个包含两个样本。

我想使用 , 计算 P 值，以查看它们是否使用 ebayes进行差异表达。

使用标准 t.test 很简单，但我发现它对小样本没有用。

有什么办法呢？从帮助文件中不清楚。

我以以下方式设计了我的矩阵，我将其命名为 mat1：

我使用 limma 包来查找 DEG

那么“deg”只会给我那些在样本一与二中显着的基因。我对那些仅在第一个样本中差异表达但在第二个样本中没有差异表达的基因感兴趣，我不确定这是否是正确的方法。

或者我应该尝试这样的事情：

我不确定我应该如何设置对比矩阵以仅从样本 1 中获取 DEG，但在其他三个中则不然。

我正在尝试将地理数据库 GSE 文件导入 R，但我不知道如何以生物导体软件可以分析的格式获取它们，你能告诉我该怎么做吗？

这是一个非常具体的问题，但也许这里有人知道该怎么做。

我想要的是从诸如“BP”（包 GO.db）之类的本体中遍历所有 GO 术语。我不一定要递归遍历树，我对 GO 术语的评估顺序的唯一要求是，对于给定的 GO 术语，它的所有子项都在该 GO 术语之前进行了评估。

换句话说，我想构造一个GO术语的字符向量V，例如如果G_x和G_y是两个GO术语，并且G_x是G_y的父级，那么这些GO术语在V中的位置索引i_x和i_y是这样的i_x > i_y。

我正在尝试绘制一个Rgraphviz带有两个边缘标签的对象。不幸的是，标签落在情节之外。这是我的例子：

这是我的情节：

我尝试了几件事但没有成功：

1. 设置更大的边界框

2. 减小标签字体大小（无论如何，这并不是我想要的应用程序）

3. 改变par属性：

4. 更改节点、边和一般属性?Rgraphviz::GraphvizAttributes

我的尝试似乎都没有奏效。有人有想法吗？