r - Gviz 中的注释轨道

Question

有没有使用该bioconductor软件包经验的人：Gviz知道如何AnnotationTrack直接在 a上添加一个DataTrack？

例如，ggplot2我可以使用 + 添加到预先存在的情节中geom_text，但我无法找到类似的功能Gviz

谢谢！

Answer 1

虽然这不是您想要的，但一种可能的解决方案是添加一个HighlightTrack涵盖您感兴趣的区域的。虽然这不会专门标记/添加关键元素到你的DataTrack，但它有助于突出不同之间的对齐DataTracks。

例子：

library(Gviz)
library(GenomicRanges)
data(geneModels)
data(cpgIslands)
gen <- genome(cpgIslands)
chr <- 1
start <- 120005434
end <- 129695434
itrack <- IdeogramTrack(genome = gen, chromosome = chr)
gtrack <- GenomeAxisTrack()
grtrack <- GeneRegionTrack(geneModels, genome = gen, chromosome = chr, name = "foo")
htrack <- HighlightTrack(trackList = list(gtrack, grtrack), start = 121535434, end = 124535434, chromosome = chr)
plotTracks(list(itrack, htrack), from = start, to = end)

图形输出

尽管grtrack是空的，但它演示了HighlightTrack将如何跨越指定的DataTracks（在本例中为grtrack和gtrack）。

有关信息的更多信息，请参阅GViz 文档。