r - 在 R 中使用 LIMMA 时使用的数据格式

Question

有人可以给我一个小例子，说明我导入 LIMMA 的微阵列数据在导入 R 时应该是什么样子？

我正在尝试从微阵列样本中破译差异调节的基因。谢谢。

Answer 1

一个带有标准化表达水平的标签（或其他）分隔文件，另外还有一个带有探针组 ID（或其他基因标识符）的列和一个定义样本的标题 - 一般而言。

要获得所需代码的示例，我建议您检查 geo2r 生成的脚本（可从任何 GEO 数据集访问）并阅读 limma 小插图。