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我是 Bioconductor 的新手，并试图找到合适的包来做我想做的事……这就是给我一个 SwissProt ID 并给我基因符号，反之亦然。

有很多包，我不知道我想要哪个，有人能快速回答吗？

是否有更快的方法将 RleViews 对象（包含相同长度的元素）转换为矩阵对象？

我通常使用

天呐！

我有一个包含 100 个样本的 ExpressionSet 对象：

我还有一个包含 75 个样本名称的向量（不是数据本身）：

如何eset1根据 75 个样本名称进行子集化（并保存）？也就是说，我想忽略那些eset1名称未在vecOf75. 请记住，与 75 个样本名称对应的某些样本可能不在eset1. 因此，

现在应该给出 <75 的值。

我是 R 新手，想从 3 组数据集中分析 miRNA 表达。谁能帮我吗。

在这种情况下，我得到了其他 miRNA（在 affy 芯片上）作为最高表达的基因。现在我只想选择人类 miRNA。请帮我

提前致谢

我有一个包含多个 SNP 的 vcf 文件，现在我想看看这些 SNP 是否均匀分布在我从中获得 SNP 的 bam 文件的读取中。具体来说，我想在读取位置上绘制 SNP 的数量。我想知道是否有一些工具可以做到这一点，或者我是否必须自己编写脚本。如果是这样，在 R 中是否有一个包我可以做到这一点（我习惯了 R，但对 perl 没有太多经验）？

我是 IRanges 包的新手，无法获得 IRange 的最终价值。我能够毫无问题地获得开始和宽度值，这让我有点困惑，并且我的结束的大小写/拼写与标题行匹配。有没有其他人遇到过这个，或者可以请发现我做错了什么？谢谢，非常感谢！

我正在尝试安装 GeneR 库（http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GeneR.html）：我使用的是 win7 和最新的 R 2.14.2。

安装时出错：

如何安装这个库？

我已经使用 import.bw()（来自 rtracklayer 包）将 UCSC 可对齐性轨道导入到 R 中，但是在访问我需要的值时遇到了问题。

例如：我想提供一条染色体和一个碱基并返回该位置的值。

我的对象叫做 al100：

我想要一个指定染色体和位置并取回分数的函数。如果我想要一个或两个值，这很简单，但是当我要查找 700 万个值时，循环将不起作用；每次查询 4/5 秒，大约是 10 个月，这不是一个选项。

例如，chr1，位置 10011 将返回值 0.002777778（其中 x 是包含染色体和位置列表的单独对象）

到目前为止，我发现的唯一方法是询问我的位置是否等于或大于范围的开始和/或等于或等于或小于范围的结束。不是很好。

我使用 Bioconductor 中的 Biostrings 包中的 pairwiseAlignment 进行简单的成对 DNA 序列比对：

输出如下所示：

对于非常长的序列，输出被截断，只显示一行：

如何将完整对齐输出到文本文件？

我正在尝试从 dat 文件中读取探针，将它们放入向量中，然后将向量放入子集中，以便能够将更多数据连接到它并将其写入 CSV 文件中。这是我的一段代码：

但是，当我到达：exprs(eset)[affys_vec,] -> sub.set

我收到以下错误消息：

请问有什么建议吗？

谢谢，

qtm