r - 将序列对齐打印到文件

Question

我使用 Bioconductor 中的 Biostrings 包中的 pairwiseAlignment 进行简单的成对 DNA 序列比对：

library('Biostrings')
seq1 = 'ATGCTA'
seq2 = 'ATGTA'
pairwiseAlignment(pattern = seq1, subject = seq2)

输出如下所示：

Global PairwiseAlignedFixedSubject (1 of 1)
pattern: [1] ATGCTA 
subject: [1] ATG-TA 
score: -4.091219 

对于非常长的序列，输出被截断，只显示一行：

Global PairwiseAlignedFixedSubject (1 of 1)
pattern: [1] AT-------------------------------------------------...----------------TGTCTTCCAKATCTGGCGCGCCTGGGTTGATATC 
subject: [1] ATTGGCGGCCGCGCCACCATGCCAGAGCCAGCGAAGTCTGCTCCCGCCCCG...GAAGGCTGTATGCTGTTGTCTTCAAGATCTGGTACCGCTGGGTTGATATC 
score: -29418.8

如何将完整对齐输出到文本文件？

Answer 1

这是生物导体邮件列表讨论的链接。到目前为止，还没有简单的方法来打印对齐格式，但也许值得实施。

https://stat.ethz.ch/pipermail/bioconductor/2012-April/044904.html

Answer 2

我认为 package 中的 R 函数printPairwiseAlignment()旨在Biostrings按照我想象的您正在寻找的方式执行此操作。