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我正在尝试从 dat 文件中读取探针，将它们放入向量中，然后将向量放入子集中，以便能够将更多数据连接到它并将其写入 CSV 文件中。这是我的一段代码：

library(Biobase)
library(affy)

affys <- read.csv("address of my dat file")
affys_vec <- as.vector(affys)[,1]

exprs(eset)[affys_vec,] -> sub.set

write.csv(sub.set,file="subset.csv")

但是，当我到达：exprs(eset)[affys_vec,] -> sub.set

我收到以下错误消息：

** Error in exprs(eset) :
  error in evaluating the argument object' in selecting a method for function 'exprs':
  Error: object 'eset' not found **

请问有什么建议吗？

谢谢，

qtm

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安装 Biobase 后，请参阅您计算机上可用的Biobase 和 ExpressionSets简介，如

vignette(package="Biobase", "ExpressionSetIntroduction")

但想法是您已经eset通过预处理某些 CEL 或其他供应商特定文件来创建。您如何预处理这些取决于您的文件是什么，可能使用affy或oligo或lumi ，或者来自使用ArrayExpress或GEOquery 之类的包的公共存储库，或者您正在使用limma并且不需要表达式集。

Bioconductor网站和邮件列表提供了更多信息。

于 2012-05-10T12:27:39.463 回答