r - 从 Gene Symbol 和 Vice Versa 获取 SwissProt ID

Question

我是 Bioconductor 的新手，并试图找到合适的包来做我想做的事……这就是给我一个 SwissProt ID 并给我基因符号，反之亦然。

有很多包，我不知道我想要哪个，有人能快速回答吗？

Answer 1

您可以采取的一种方法是使用有机体包：

library(org.Hs.eg.db)

假设我的基因符号就像这里的键中的符号：

keys <- c("A1BG","A2M","A2MP1","NAT1","NAT2","AACP")

然后您可以只使用 select() 方法（这适用于 R-2.14 及更高版本）。

select(org.Hs.eg.db, cols=c("SYMBOL", "UNIPROT"), keys= keys, keytype="SYMBOL")

希望这可以帮助！