问题标签 [bioconductor]

我试图使用 Biobase 包在 R 中运行 GSA（基因集富集分析）函数：Expression Set。我使用 resp.type 是“未配对的两个类”。但是当我运行该函数时：

它给了我一个错误说：

我不知道这个错误是什么意思。我做到了mode(exprs(eset))，它给了我“数字”

谁能告诉我如何摆脱这个问题？

我想将蛋白质数据库中的 PDB 文件与 Cosmic 或 Uniprot 中显示的蛋白质的规范 AA 序列进行匹配。具体来说，我需要做的是从 pdb 文件中提取主链中的碳 α 原子及其 xyz 位置。我还需要在蛋白质序列中提取它们的实际顺序。对于结构 3GFT（Kras - Uniprot 登录号 P01116），这很简单，我可以取 ResSeq 号。然而，对于其他一些蛋白质，我不知道这是怎么可能的。

例如，对于结构 (2ZHQ)（蛋白质 F2 - Uniprot 登录号 P00734），Seqres 的 ResSeq 编号对于数字“1”和“14”重复，并且仅在 Icode 条目中有所不同。此外，icode 条目不是按字典顺序排列的，因此很难判断提取的顺序。

如果考虑结构 3V5Q（Uniprot 登录号 Q16288），情况会更糟。对于大多数蛋白质，ResSeq 编号与来自 COSMIC 或 UNIPROT 等来源的实际氨基酸相匹配。但是，在位置 711 之后，它会跳转到位置 730。当查看 REMARK 465（丢失的原子）时，它表明对于链 A，726-729 丢失了。然而，在将其与蛋白质匹配后，这些 AA 实际上是 712-715。

我附上了适用于简单 3GFT 示例的代码，但如果有人是 pdb 文件方面的专家并且可以帮助我弄清楚其余部分，我将非常感激。

我在 R 中安装 bioconductor 包时遇到问题。这是在 MacOSX 上，全新安装的 R 2.15，并使用 bioconductor 1.4.4。成绩单如下：

我通过谷歌找到的相关问题表明存在互联网连接错误（代理等），但这里似乎并非如此。我可以很好地从 CRAN 安装软件包：（即 install.packages("foreach")）

欢迎提出建议。

我使用成对对齐来获得以下信息：

然后我可以使用：

获取模式和主题的完整字符串序列。但是，如何从对象中获取数字 448 和 1 作为整数？我需要使用这些数字，但似乎没有办法得到它们。

我有大量的家庭数据（父母和孩子）。它们都是等位基因的形式。即每个基因座和受试者的两个等位基因。我们的问题是计算每个基因座的突变率/计数（孩子的等位基因和父母的等位基因之间的不匹配）。有没有可以轻松做到这一点的 R 包？

提前致谢

很抱歉这么快就回来回答一个简单的安装问题，但我无法自己解决这个问题，这严重影响了我的工作效率。无论如何，我尝试按照 BC 网站的建议安装 GenomicFeatures。

我收到以下错误消息（除了几条警告消息）

所以我猜依赖项有一些问题，但它们会在 GF 之前自动安装似乎很奇怪。我使用的是 2.15.0 版。关于问题可能是什么的任何线索？我很乐意根据需要提供更多信息。谢谢。

我正在尝试使用 R 将数据列合并到一个制表符分隔的矩阵中。当我使用该cbind()函数时，R 出于某种原因添加了指定行号的第一列，即使我没有包含这样的列作为参数。例如，当我cbind()在以下列上使用时：

x|y|z
x|y|z
x|y|z

cbind()产生：
1|x|y|z
2|x|y|z
3|x|y|z

我尝试使用子集和 a 删除第一列我遇到的其他几种方法。无论我做什么，当我将此矩阵写入 .txt 文件时，行号仍会显示为附加列（因此在 excel 中打开时，您不仅会看到 excel 提供的行号，还会看到来自此 txt 文件的生成）。我可以在 excel 中手动删除它们，但这对于我计划生成的表的数量来说并不可行。

我有 2 个数据集，每个数据集都包含 Start、End 和 Chromosome 列名。我想比较两个文件中的值，看看是否有任何不重叠的区域（考虑到开始、结束和色度位置）并使用 R 将它们包含在列表中。什么是遍历所有文件的最佳方法两个文件中的数据点并进行比较

文件示例 1：

文件示例 2：

谢谢

我正在使用来自 bioconductor 的 Gviz 库。我输入了一个制表符分隔的文件，其中包含我需要在我的染色体表意文字上绘制的 CNV 位置。

我的输入文件由 dat 定义，有 4 列

• [1] 染色体
• [2] 开始
• [3] 结束
• [4] 宽度（可以是“+”或“-”，取决于拷贝数的方向）

所以我这样做了：

当我调用文件 dat 时，它显示一条错误消息：

显然我调用输入文件（在 dat 中）的方式不满足 R .. 请有人帮助我:)

我正在使用来自 Bioconductor 的 Gviz 库，我正在尝试绘制从技术上从左到右绘制的表意文字，但我们的数据有一些负宽度，表明绘图应该从右到左。如何使用 IRanges 输入宽度的负值？

这是我们正在使用的一段代码：

谢谢 ：））））