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很抱歉这么快就回来回答一个简单的安装问题，但我无法自己解决这个问题，这严重影响了我的工作效率。无论如何，我尝试按照 BC 网站的建议安装 GenomicFeatures。

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite("GenomicFeatures")

我收到以下错误消息（除了几条警告消息）

ERROR: configuration failed for package ‘RCurl’
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/RCurl’
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘rtracklayer’
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/rtracklayer’
ERROR: dependencies ‘XML’, ‘RCurl’ are not available for package ‘biomaRt’
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/biomaRt’
ERROR: dependencies ‘rtracklayer’, ‘biomaRt’, ‘RCurl’ are not available for package ‘GenomicFeatures’
* removing ‘/home/tim/R/i686-pc-linux-gnu-library/2.15/GenomicFeatures’

所以我猜依赖项有一些问题，但它们会在 GF 之前自动安装似乎很奇怪。我使用的是 2.15.0 版。关于问题可能是什么的任何线索？我很乐意根据需要提供更多信息。谢谢。

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Martin Morgan 有一个我认为在评论中有效的解决方案。我会详细说明一下。

错误消息告诉您需要安装 RCurl 和 XML 包。这两个包都要求您的系统上有某些开发包。您似乎正在运行 Linux。如果您使用的是基于 Debian 的系统（Debian、Ubuntu、Mint 等），那么要安装 RCurl，您需要安装libcurl4-openssl-dev，而要安装 XML，您需要安装libxml2-dev. 您可以在命令行上通过键入相对轻松地完成此操作

sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev libxml2-dev

那应该安装所需的软件包和任何依赖项。然后你应该能够从 R 中安装 RCurl 和 XML 包。

install.packages("RCurl")
install.packages("XML")

此时，您拥有所需的依赖项，并且应该能够从 Bioconductor 安装 GenomicFeatures。

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("GenomicFeatures")

对那些使用 Windows 的人来说只是一个注意事项 - 获取 RCurl 和 XML 并不一定容易，但是，Brian Ripley 博士在他的网站上为这些包提供了二进制文件，您可以很容易地从那里下载它们。最初，当我看到 RCurl 和 XML 存在问题时，我认为它一定是 Windows 用户，直到我查看实际错误并意识到它是 Linux 用户。

于 2012-06-10T20:09:07.863 回答