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我在 R 中安装 bioconductor 包时遇到问题。这是在 MacOSX 上，全新安装的 R 2.15，并使用 bioconductor 1.4.4。成绩单如下：

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
BiocInstaller version 1.4.4, ?biocLite for help
> biocLite("Biobase")
BioC_mirror: http://bioconductor.org
Using R version 2.15, BiocInstaller version 1.4.4.
Warning: unable to access index for repository http://brainarray.mbni.med.umich.edu/bioc/bin/macosx/leopard/contrib/2.15
Installing package(s) 'Biobase'
Error: Line starting '<!DOCTYPE html PUBLI ...' is malformed!
> traceback()
6: read.dcf(file = tmpf)
5: available.packages(contriburl = contriburl, method = method)
4: .install.macbinary(pkgs = pkgs, lib = lib, contriburl = contriburl, 
       method = method, available = available, destdir = destdir, 
       dependencies = dependencies, ...)
3: install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...)
2: biocLiteInstall(pkgs, ask = ask, siteRepos = siteRepos, suppressUpdates = suppressUpdates, 
       ...)
1: biocLite("Biobase")

我通过谷歌找到的相关问题表明存在互联网连接错误（代理等），但这里似乎并非如此。我可以很好地从 CRAN 安装软件包：（即 install.packages("foreach")）

欢迎提出建议。

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我相信这是一个错误，当我们的构建在西雅图时间今天早上 10 点完成时将得到纠正——CRANextras 存储库不再可用于 Mac，您会看到重定向页面的顶部。查找 BiocInstaller 版本 > 1.4.5 之后source("http://bioconductor.org/biocLite.R")。Bioconductor 邮件列表上有一个电子邮件线程。

于 2012-05-31T15:33:20.650 回答