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我正在使用来自 Bioconductor 的 Gviz 库，我正在尝试绘制从技术上从左到右绘制的表意文字，但我们的数据有一些负宽度，表明绘图应该从右到左。如何使用 IRanges 输入宽度的负值？

这是我们正在使用的一段代码：

library(Gviz)
library(IRanges)
gen <- "mm9"
chr <- "chr1"

itrack <- IdeogramTrack(genome = gen, chromosome = chr)
gtrack <- GenomeAxisTrack()

dat <- read.delim("C:/R/mydata.TXT", header = FALSE, sep ="\t")
s <- dat[[2]]
e <- dat[[3]]
l <- dat[[4]]

annot1 = IRanges(start = s, width = l)
Error.Call2("solve_user_SEW0", start, end, width, PACKAGE = "IRanges") : 
solving row 1: negative widths are not allowed

# Those logical following commands work well if no negative integer is passed to IRanges
atrack <- AnnotationTrack (annot1, chromosome = chr, genome = gen, name = "foo") 
plotTracks (list(itrack, gtrack, atrack))

谢谢 ：））））

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1 回答 1

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就像错误消息说的那样，IRanges 不能有负宽度——“开始”总是在最左边。也许使用 GRanges 对象strand="-"？

于 2012-06-15T23:20:48.603 回答