问题标签 [bioconductor]

我正在使用包含 2 个系列矩阵的 GSE 集，并希望将整个事物转换为表达式集，以便我可以在 Limma 中使用它。我已经使用以下命令加载了 GSE：

当我尝试访问 GSM 列表以检查平台时，我收到以下错误：

到目前为止，我检查了 gse 对象的尺寸，它是 NULL，所以没有帮助。此外，它不是一个列表。当我调用“Meta（gse）”时，它也会引发同样的错误。我对这些数据结构和一般的 R 比较陌生，所以如果有人能指出我正确的方向，那将是一个巨大的帮助。

我在安装 GenomicFeatures（R 中的一个 bioconductor 包）时遇到问题，但我尝试安装的所有其他 Bioconductor 包都可以正常工作。GenomicFeatures 的错误是：

我搜索了这个错误，发现只有两个或三个链接（与其他 R 包相关），通常问题是由于安装了旧的 R，但我有一个相当新的。

我有 R 3.0.0 和 biocond.v 2.13

在另一台装有 R.3.0.0 和 biocond.v 2.12 的计算机上，它安装正常。

我将不胜感激任何提示或指示下一步要尝试什么，以找出 GF 安装失败的原因。

我的环境和安装命令和sessionInfo：

[已修复] 正如 Martin 所说，今天（2013-06-02）发布的新版本修复了这个问题。

我正在使用 GenomicRange R 包。我有一个这样的输入文件：

当我使用 GRanges 将所有这些行减少为与这些代码重叠的坐标时：

R 生成一个输出：

我想打印 GenomicRanges 生成的所有输出。避开…………线。是否可以？我相信这是一个 data.frame 结构，但我无法访问所有记录。

提前致谢。

现在我想绘制 RNAdeg 的子集

我尝试了各种“for”循环但没有成功。

但是，如果指定了绘图线颜色，则 plotAffyRNAdeg 绘制 1:(指定颜色的数量)的子集，但我还没有想到一种有效使用它的方法。例如，下面绘制了第一到第六组 AffyRNAdeg'd 微阵列数据（由 ReadAffy() 读取的第一到第六个 .CEL 文件）

我正在尝试使用 rpy2 中的 bioconductor（特别是 seqLogo）。我找到了有用的包：

http://pythonhosted.org/rpy2-bioconductor-extensions/index.html

但是，当我从包的文档中尝试这个时：

我得到错误

在我系统上的 R 环境中，以下内容完美运行：

我想使用这个已经seqLogo从 rpy2 安装的包。如何才能做到这一点？因为我安装了 rpy2，我可以这样做：

但不确定如何从bioc.

如果我尝试：

我得到错误：

谢谢。

我正在尝试在具有 2 个批次的数据集上运行 ComBat 脚本，但是我遇到了错误，并且我不知道如何检查代码，因为我是 R 新手。

我以这种方式运行 ComBat 方法：

无论如何，我的输出是：

dat 的数据格式为：

sif 的数据格式为：

任何提示表示赞赏。如果需要，我会提供更多信息。

谢谢

我有一个矩阵调用 res 最初如下所示：

我有一个索引矩阵（索引），如下所示：

我希望得到的 res 矩阵如下所示：

我有一个大矩阵，循环遍历索引矩阵需要很长时间。请让我知道是否有更好的方法来做到这一点。我希望做一些类似 mat[indexes,] <- 1 的事情。但是，这不起作用我想要的。

我在 R 中安装 bioconductor 包时遇到了一些问题，它挂在“测试是否可以加载已安装的包”部分

这是R版本：

我想知道是否有人知道如何在不使用 flowCore 包提供的标准转换的情况下进行通道四（FLH 4）的转换？

通道四的值在 1 到 4096 之间，我需要使用规则 10^(x/1024) 将值转换为 1 到 246 之间。

谢谢你。

我使用 cummeRbund 函数findSimilar()来找到与我使用 Cuffdiff 识别的差异表达基因最相似的 10 个基因。这使用了 Jensen-Shannon 距离并产生了一个排序的基因列表，我现在想测试它的 GO 富集。该文件如下所示：

我首先手动搜索了每个最相似基因的 GO 术语，但我想做一个更可靠的分析。我正在尝试运行 Broad Institute 的 Java 应用程序 GSEA。

我制作了我的排名列表文件格式 (*.rnk)，现在我必须选择一个基因集数据库。

我正在研究一种海绵物种，所以我不能使用已经提供的数据库。

如何创建自己的基因集数据库？它应该是什么样子？