r - 使用 flowCore 转换流式细胞仪数据？

Question

我想知道是否有人知道如何在不使用 flowCore 包提供的标准转换的情况下进行通道四（FLH 4）的转换？

通道四的值在 1 到 4096 之间，我需要使用规则 10^(x/1024) 将值转换为 1 到 246 之间。

谢谢你。

Answer 1

最好使用 flowTrans mclMultivArcSinh 变换。

trans<-flowTrans(flowData, "mclMultivArcSinh",colnames(flowData)[3:12], n2f=FALSE, parameters.only=FALSE)

您不能转换 FSC-A、SSC-A 和时间，这就是我有 colnames [3:12] 的原因。

Answer 2

您可以通过执行以下操作来获得自定义转换..

情节（变换（someFlowFrame，FSC-H=10^（FSC-H/1024），SSC-H=10^（SSC-H/1024）），c（“FSC-H”，“SSC-H”））

但是，由于 10^(4096/1024) 为您的假设示例返回最大值 10000，因此您的范围的绘图 -

情节（变换（someFlowFrame，FSC-H=10^（FSC-H/1024），SSC-H=10^（SSC-H/1024）），c（“FSC-H”，“SSC-H”），xlim=c（0,256），ylim=c（0,256 ))

看起来不太好。